Organisation de la formation
Le master bioinfo@lyon est une formation de l'Université Lyon 1.
Il s'articule autour de deux parcours :
- Bioinformatique Moléculaire : Méthodes et Analyses (BMMA).
- Bioinformatique Moléculaire : Entrepreneuriat (BME).
Les cours ont lieu sur le campus LyonTech La Doua, mais certains TD et TP spécifiques auront lieu sur le campus Charles Mérieux à Gerland (IBCP, 7 passage du Vercors, 69007, Lyon).
Master 1
L'année de M1 est commune à tous les étudiants. Elle est équilibrée entre les enseignements disciplinaires (Bioinformatique = 12 ECTs, Biochimie = 9 ECTs et Informatique = 12 ECTs) et une mise en
pratique des compétences acquises au travers de projets (2 x 3 ECTs) et d'un stage de deux mois (9 ECTs) en entreprise ou dans un laboratoire de recherche.
Compte-tenu de l’hétérogénéité du public accueilli une UE de 6 ECTs est proposée en début de M1 pour permettre aux étudiants, selon leur parcours antérieur, d'acquérir des bases indispensables et/ou de renforcer leurs compétences dans les domaines de la Bioinformatique, de la Biochimie et de l'Informatique pour suivre la formation dans de bonnes conditions.
Ces enseignements disciplinaires sont complétés par l'enseignement d'une langue étrangère (anglais) et d'enseignements transversaux d'insertion professionnelle.
Master 2
L'année de M2 permet aux étudiants d'approfondir leurs connaissances en Bioinformatique (6 ECTs), Biochimie (3 ECTs) et Informatique (3 ECTs) et de spécialiser dans l'un ou l'autre de ces domaines au travers un vaste choix d'options (12 ECTs). Comme en M1, la mise en pratique des connaissances acquises est au cœur de l'année de M2, au travers de projets (3 ECTs) et d'un stage de six mois en entreprise ou dans un laboratoire de recherche (27 ECTs). Pour les étudiants suivant le parcours Entrepreneuriat (BME), le stage est remplacé par un accompagnement à la création d'entreprise.
L'enseignement d'une langue étrangère (anglais) sera poursuivi.
Descriptif des UEs
Légende : Biologie / Méthodologie / UE professionnalisantes / Informatique / Enseignements transversaux
Unités d'enseignement (Master 1)
Bases pour la bioinformatique moléculaire
Statut: 6 ECTs, S1 - obligatoire
Responsables: Emmanuel Bettler, Céline Brochier-Armanet
Enseignements transversaux d'insertion professionnelle
Statut: 3 ECTs, S2 - obligatoire
1 UE à choisir parmi 4
Responsable: Tatjana Perovic
Anglais pour la communication professionnelle niveau 1
Statut: 3 ECTs, S1 - obligatoire
Responsable: Nathalie Dourlot
Bioinformatique structurale
Statut: 6 ECTs, S1 - obligatoire
Responsable: Emmanuel Bettler
Méthodes pour l'analyse de données protéomiques
Statut: 3 ECTs, S2 - obligatoire
Responsable: Sophie Ayciriex
Méthodes pour l'analyse de données génomiques
Statut: 6 ECTs, S1 - obligatoire
Responsables: Vincent Lacroix & Annabelle Haudry
Méthodes pour l'analyse de données transcriptomiques
Statut: 6 ECTs, S2 - obligatoire
Responsable: Vincent Lacroix & Hélène Badouin
Programmation avancée Python pour la bioinformatique
Statut: 6 ECTs, S1 - obligatoire
Responsables: Guillaume Launay & Arnaud Mary
Modélisations probabilistes en bioinformatique
Statut: 3 ECTs, S2 - obligatoire
Responsable: Laurent Gueguen
Bases de données pour la bioinformatique
Statut: 3 ECTs, S2 - obligatoire
Responsable: Fabien Duchateau
Projet en
bioinformatique 1
Statut: 3 ECTs, S1 - obligatoire
Responsables: Laurent Gueguen & Vincent Lacroix
Projet en
bioinformatique 2
Statut: 3 ECTs, S2 - obligatoire
Responsables: Laurent Gueguen & Céline Brochier-Armanet
Stage entreprise / laboratoire - 2 mois
Statut: 9 ECTs, S2 - obligatoire
Responsables: Céline Brochier-Armanet
Unités d'enseignement (Master 2)
Enjeux éthiques-juridiques-sociaux-écologiques en bioinfo
Statut: 3 ECTs - obligatoire
Responsable: Vincent Lacroix
Anglais pour la communication professionnelle niveau 2
Statut: 3 ECTs - obligatoire
Responsable: Nathalie Dourlot
Introduction à la biologie des systèmes
Statut: 3 ECTs - optionnelle
Responsable: Sylvie Ricard-Blum
Conception de molécules bioactives & drug design
Statut: 6 ECTs - optionnelle
Responsable: Emmanuel Bettler
Génétique en écologie et évolution
Statut: 3 ECTs - obligatoire
Responsable: Marie Fablet
Génomique en écologie et évolution 2
Statut: 3 ECTs - optionnelle
Responsable: Annabelle Haudry
Génomique en écologie et évolution 3
Statut: 3 ECTs - optionnelle
Responsable: Cristina Heddi
Phylogénomique et évolution moléculaire
Statut: 3 ECTs - optionnelle
Responsables: Céline Brochier-Armanet
Statistique bayésiennes & applications
Statut: 3 ECTs -
optionnelle
Responsable: Laurent Gueguen
Modélisation de réseaux
métaboliques
Statut: 3 ECTs -
optionnelle
Responsable: Sabine Peres
Visualisation de données biologiques
Statut: 3 ECTs - obligatoire
Responsable: Guillaume Launay
Programmation web pour la bioinformatique
Statut: 3 ECTs - obligatoire
Responsable: Pierre-Antoine Champin & Guillaume Launay
Graphes, complexité,
combinatoire
Statut: 3 ECTs - optionnelle
Responsable: Hamamache Kheddouci & Samba-Ndojh Ndiaye
Algorithmique avancée pour la bioinformatique
Statut : 3 ECTs - obligatoire
Responsable : Arnaud Mary
Techniques d'apprentissage automatique
Statut: 3 ECTs - optionnelle
Responsables: Haytham Elghazel & Khalid Benabdeslem
Bases de données non relationnelles
Statut: 3 ECTs - optionnelle
Responsable: Emmanuel Coquery
Gestion de grandes masses de données
Statut: 3 ECTs - optionnelle
Responsable: Nicolas Lumineau
Analyse de données
Statut: 3 ECTs - optionnelle
Responsable: Remy Cazabet & Fabien De Marchi
Projet en
bioinformatique 3
Statut: 3 ECTs - obligatoire
Responsables: Laurent Gueguen
Stage/alternance en entreprise/laboratoire - 4 à 6 mois
Statut: 27 ECTs - obligatoire
Responsable: Céline Brochier-Armanet