Dans le cadre du master Bioinfo@Lyon les étudiants sont amenés à réaliser deux stages. La durée des stages est de deux mois pour
le master 1 et de six mois pour le master 2. Ils permettent l'acquisition de 9 et 27 ECTs respectivement.
Les stages sont réalisés individuellement en entreprise ou au sein d'une structure de recherche privée ou publique.
Stages de M2 et de M1 - 2024/2025
Transcriptomique spatiale et évolution des tumeurs mammaires rares
Contact : Pierre Martinez
Courriel : pierre.martinez@lyon.unicancer.fr
Structure : CRC de Lyon
Intégration de données génétiques/génomiques dans une base de connaissance graphe
Contact : Célia Michotey et Nicolas Francillonne
Courriel : celia.michotey@inrae.fr; nicolas.francillonne@inrae.fr
Structure : INRAE Versailles
Inferring and comparing gene regulatory networks in arabidopsis roots from high-dimensional big data
Contact : Olivier Martin et Thomas Blein
Courriel : olivier.c.martin@inrae.fr; thomas.blein@cnrs.fr
Structure : INRAE
Mise en place de méthodes d'analyse de transcriptomique spatiale
Contact : Guillaume Marcy
Courriel : guillaume.marcy@univ-lyon1.fr
Structure : Labex CORTEX - UCBL
Mise en place de méthodes d'analyse Long Read Nanopore
Contact : Guillaume Marcy
Courriel : guillaume.marcy@univ-lyon1.fr
Structure : LabEx CORTEX
Modeling and dynamic simulation of DNA torsion in the regulation of gene expression
Décryptage des fonctions du microbiote rhizosphérique : optimisation du traitement bioinformatique des données obtenues par spectrométrie de masse
Contact : Willy Bienvenut
Courriel : willy.bienvenut@cnrs.fr
Structure : GQE - Le Moulon, IDEEV
Vers un génome de référence du chevreuil à partir de séquençage long-read nanopore
Contact : Mathieu Boulesteix, Sébastien Devillard
Courriel : Matthieu.boulesteix@univ-lyon1.fr, sebastien.devillard@univ-lyon1.fr
Structure : LBBE - UMR5558
Exploration and expansion of conformational states of the ABC transporter BmrA
Contact : Nicoletta Ceres
Courriel : nicoletta.ceres@ens-lyon.fr
Structure : ENS Lyon
Identification of non-methylated islands (NMIs) in the genome of a passerine bird and assessment of their role in recombination rate regulation
Contact : Carina Mugal et Laurent Duret
Courriel : carina.mugal@univ-lyon1.fr, laurent.duret@univ-lyon1.fr
Structure : LBBE
The role of transposable elements during speciation in Ficedula flycatchers
Contact : Carina Mugal, Emmanuel Lerat
Courriel : carina.mugal@univ-lyon1.fr ; emmanuelle.lerat@univ-lyon1.fr
Structure : LBBE
Caractérisation métabolique de souches bactériennes isolées pour leur capacité à tolérer ou biodégrader les hydrocarbures et d'un consortium utilisé en bioaugmentation
Contact : Aurélie Cébron
Courriel : aurelie.cebron@univ-lorraine.fr
Structure : LIEC UMR7360
Sujet de stage Master 2
Contact : Mylène Hugoni et Céline Brochier-Armanet
Courriel :mylene.hugoni@univ-lyon1.fr et celine.brochier-armanet@univ-lyon1.fr
Structure : LBBE - Lyon 1
Evolution of regulatory sequences in a case of molar adaptation
Contact : Marie Sémon et Sophie Pantalacci
Courriel : marie.semon@ens-lyon.fr et sophie.pantalacci@ens-lyon.fr
Structure : ENS LYON
Bioinformatics M2 internship : single-cell annotation methods with AI
Contact :Joseph Josephides
Courriel : joseph.josephides@pasteur.fr
Structure : Institut Pasteur
Internship supervisors and host laboratory
Microbial Molecular Genomics Lab
Utilisation de la modélisation métabolique par contraintes pour décrypter les points critiques du métabolisme d'un insecte ravageur
Impact des outils d'assemblage de novo sur l'annotation fonctionnelle des génomes assemblés
Contact : Deborah Merda
Courriel : deborah.merda@anses.fr
Structure : ANSES, service SPAAD
Capturing moment to moment processes of meditation
Contact :Jacqueline School
Courriel : jacqueline.school@inserm.fr
Structure : Lyon Neuroscience Research Centre, CRCN Inserm
Computational models of attributional styles
Contact :Jacqueline School
Courriel : jacqueline.school@inserm.fr
Structure : Lyon Neuroscience Research Centre, CRCN Inserm
Emotions and brain networks during foraging under threat
Contact :Jacqueline School
Courriel : jacqueline.school@inserm.fr
Structure : Lyon Neuroscience Research Centre, CRCN Inserm
Impact écotoxicologique de PFAS sur les communautés microbiennes des sols en présence de plantes
Contact : Aurélie CEBRON
Courriel : aurelie.cebron@univ-lorraine.fr
Structure : LIEC UMR 7360 Vandoeuvre-les-Nancy
Validation et mise à disposition sous forme d'une application shinny des méthodes de modélisation dose-réponse automatisée pour le screening d'un grand nombre de variables biologiques en écotoxicologie (projet DRing)
Contact : Marie-Laure DELIGNETTE-MULLER
Courriel : marielaure.delignettemuller@vetagro-sup.fr
Structure : LBBE - UMR CNRS 5558
Contact : Julien VARALDI et Laure SEGUREL
Courriel : julien.varaldi@univ-lyon1.fr et laure.segurel@univ-lyon1.fr
Structure : LBBE - UMR CNRS 5558
Computational biology, Computer simulations, Biological membranes, Membrane proteins
Contact : Luca MONTICELLI
Courriel : luca.monticelli@inserm.fr
Structure : Molecular Microbiology and structural Biochemistry - MMSB
Internship proposal (Master 2) Detection of balancing selection in Ficedula flycatchers
Contact : Laure SEGUREL et Carina Farah MUGAL
Courriel : laure.segurel@univ-lyon1.fr ; carina.mugal@univ-lyon1.fr
Structure : LBBE - UMR CNRS 5558
Echanges métaboliques entre la punaise de lit et ses endosymbiotes
Contact : Natacha KREMER et Sabine PERES
Courriel : natacha.kremer@univ-lyon1.fr ; sabine.peres@univ-lyon1.fr
Structure : LBBE - UMR CNRS 5558
Contribution des virus aux transferts horizontaux entre insectes d'une communauté tropicale
Contact : Julien VARALDI
Courriel : julien.varaldi@univ-lyon1.fr
Structure : LBBE - UMR CNRS 5558
Analyse RNA-Seq unicellulaire du développement et de la plasticité du cerveau
Contact : Olivier RAINETEAU
Courriel : olivier.raineteau@inserm.fr
Structure : SBRI - INSERM U1208