Structure : LBBE
Dans le cadre du master Bioinfo@Lyon les étudiants sont amenés à réaliser deux stages. La durée des stages est de deux mois pour
le master 1 et de six mois pour le master 2. Ils permettent l'acquisition de 9 et 27 ECTs respectivement.
Les stages sont réalisés individuellement en entreprise ou au sein d'une structure de recherche privée ou publique.
STAGE DE M2 - M1 2025/2026
Design and Benchmark of a tool for environmental detection of antibiotic resistance plasmids
Intégration de données métaprotéomiques et métagénomiques pour la compréhension du fonctionnement de consortia microbiens lignocellulolytiques
Contact : RAQUET HERNANDEZ G. et DEJEAN S.
Courriel : hernandg@insa-toulouse.fr ; sebastien.dejean@math.univ-toulouse.fr
Structure : Institut de Mathématiques de Toulouse
Etude de la biologie des ARN chez des plantes soumises à des stress abiotiques par des approches de séquençage basées sur des lectures longues
Contact : MOISSIARD Guillaume et PICAULT Nathalie
Courriel : guillaume.moissiard@univ-perp.fr ; nathalie.picault@univ-perp.fr
Structure : Université de Perpignan
Pangenome graph simplification strategies for the detection of structural variants
Contact : LEMAITRE Claire et URICARU Raluca
Courriel : claire.lemaitre@inria.fr ; raluca.uricaru@u-bordeaux.fr
Structure : INRIA Rennes et Université de Bordeaux
Metagenomic analysis of glacier microbial communities for ice nucleation and cold adapation genes
Contact : A. BRADLEY James
Courriel : james.bradley@mio.osupytheas.fr
Structure : University Aix-Marseille
Diversité, dynamique et activité des virus marins en Méditerranée : une approche multi-omique au sein du projet BIOSWOT-Med
Contact : BORDI Christophe
Courriel : christophe.bordi@univ-amu.fr
Structure : Institut Méditerranéen d'Océanologie
Caractérisation de peptidomes de levure par spectrométrie de masse haute résolution
Contact : OLIVEIRA-CORREIA Lydie
Courriel : lydie.oliveira-correia@inrae.fr
Structure : INRAE Jouy-en-Josas
Integrative multi-Omic analysis for pea aphids
Contact : ROUX Géraldine
Courriel : geraldine.roux1@univ-orleans.fr
Structure : Université d'Orléans
Modélisation de l'influence du microbiote intestinal sur le métabolisme de la drosophile
Contact : COTTRET Ludovic
Courriel : ludovic.cottret@inrae.fr
Structure : INRAE Toulouse
Intégration de données single-cell RNA-seq et multi-omiques pour étudier les effets de l'oléate alimentaire sur le tissu adipeux en contexte d'obésité (Oleatomics)
Contact : DUCHEIX Simon et BLUM Yuna
Courriel : simon.ducheix@univ-nantes.fr et yuna.blum@univ-rennes.fr
Structure : Université de Nantes et de Rennes
Contingent dynamics in unbounded chemical networks : towards the emergence of prebiotic Darwinian processes
Contact : CHARLAT Sylvain
Courriel : sylvain.charlat@univ-lyon1.fr
Structure : LBBE - UCBLyon 1
Origine et évolution des processus cellulaires impliqués dans la mort cellulaire programmée chez les métazoaires
Contact : BROCHIER céline
Courriel : céline.brochier-armanet@univ-lyon1.fr
Structure : LBBE - UCBLyon 1
Genome data mining pour la reconstruction des voies métaboliques et l'identification ciblées des gènes du système endocrinien chez un crustacé modèle en écotoxicologie, Gammarus fossarum
Contact : ESPOTI-DEGLI Davide
Courriel : davide.degli-espoti@inrae.fr
Structure : INRAE
Application de modèles d'apprentissage automatique supervisés (supervised machine learning, SML) à des données provenant d'ADN environnemental pour identifier l'impact des stations d'épuration sur la biodiversité des cours d'eau intermittents
Contact : COUTON Marjorie
Courriel : marjorie.couton@univ-lyon1.fr
Structure : LEHNA, UCBL1
Reconstruction d'un génome foetal à partir d'un prélèvement de sang maternel
Contact : BARDEL Claire et CHATRON Nicolas
Courriel : claire.bardel@univ-lyon1.fr ; nicolas.chatron@chu-lyon.fr
Structure : HCL
Etude des bases génomiques de l'évolution de la formule vertébrale des tétrapodes
Contact : HEUDE Eglantine et NECSULEA Anamaria
Courriel : eglantine.heude@ens-lyon.fr ; anamaria.necsulea@univ-lyon1.fr
Structure : ENS et LBBE Lyon
Contribution des virus d'hymenoptères parasitoïdes aux transferts horizontaux
Contact : VARALDI Julien et GILBERT Clément
Courriel : julien.varaldi@univ-lyon1.fr ; clement.gilbert@universite-paris-saclay.fr
Structure : LBBE Lyon et EGCE Paris
Influence du régime alimentaire sur l'évolution du répertoire de gènes de dégradation de la lignocellulose
Contact : FRANCOIS Clémentine et LEFEBURE Tristan
Courriel : clementine.francois@univ-lyon1.fr et tristan.lefebure@univ-lyon1.fr
Structure : UCBLyon 1, LEHNA, UMR5023
Implementation and optimization of a workflow for the recontruction and denoising of tomograms from CryoEM data
Adaptation à un nouvel hôte (humain) chez la punaise de lit Cimex lectularius
Contact : VARALDI Julien et SEGUREL Laure
Courriel : julien.varaldi@univ-lyon1.fr et laure.segurel@univ-lyon1.fr
Structure : LBBE Lyon
Diversité des gènes LILRB1 : création d'une base de séquences de référence, étude de la diversité génétique mondiale et implication fonctionnelle et médicale
Contact : DI CRISTOFARO Julie
Courriel : julie.dicristofaro@efs.sante.fr
Structure : UMR7268 / Etab. français du sang PACA Corse
Annotation automatisée de peptides antimicrobiens d'insectes par des approches d'intelligence artificielle
Contact : PARISOT Nicolas et MONEGAT Carole
Courriel : nicolas.parisot@insa-lyon.fr ; carole.monegat@insa-lyon.fr
Structure : UMR INRAE/INSA Lyon
Apprentissage profond appliqué à la biophysique évolutive des protéines
Contact : LARTILLOT Nicolas
Courriel : nicolas.lartillot@univ-lyon1.fr
Structure : UMR5558, LBBE
Métabolisme et grandes transitions évolutives : étude du métabolisme du soufre et de son lien avec le métabolisme énergétique
Contact : GARCIA Pierre Simon
Courriel : pgarcia@imm.cnrs.fr
Structure : Labo. de chimie bactérienne, Marseille
RESIST : rapid evolution of symbiotic interactions in response to stress : processes and mechanisms
Contact : KREMER Natacha et FABLET Marie
Courriel : natacha.kremer@univ-lyon1.fr ; marie.fablet@univ-lyon1.fr
Structure : UCBLyon 1, LBBE (Villeurbanne)
Impact de l'environnement oxydo-réducteur sur l'écosystème microbien des fromages : une approche transcriptomique pour décrypter les interactions et les voies métabolliques
Contact : ACHILLEOS Christine
Courriel : christine.achilleos@inrae.fr
Structure : INRAE
Genomic degeneration in young sex chromosomes
Contact : GIRAUD Tatiana
Courriel : tatiana.giraud@universite-paris-saclay.fr
Structure : Université Paris-Sarclay
Apprentissage profond appliqué à la biophysique évolutive des protéines
Contact : LARTILLOT Nicolas
Courriel : nicolas.lartillot@univ-lyon1.fr
Structure : UCBLyon 1, LBBE (Villeurbanne)
Contact : RAQUET HERNANDEZ G. et DEJEAN S.
Courriel : hernandg@insa-toulouse.fr ; sebastien.dejean@math.univ-toulouse.fr
Structure : Institut de Mathématiques de Toulouse