Offres de stages 2022-2023


Dans le cadre du master Bioinfo@Lyon les étudiants sont amenés à réaliser deux stages. La durée des stages est de deux mois pour le master 1 et de six mois pour le master 2. Ils permettent l'acquisition de 9 et 27 ECTs respectivement.

Les stages sont réalisés individuellement en entreprise ou au sein d'une structure de recherche privée ou publique.


Stages de M2 et de M1 - 2022/2023


Venez explorer le côté obscur du vivant à partir des données massives de séquençage métagénomique

Contacts : Vincent Navratil, Damien De Vienne

Courriel : vincent.navrati@univ-lyon1.fr ; damien.de-vienne@cnrs.fr

Structure : Université Claude Bernard Lyon 1, PRABI-AMSB (Villeurbanne)

Date de publication : 24/11/22

Statut : M1/M2 à pourvoir



Fouille de données et mise à jour des bases exploitées par l’outil d’inférence fonctionnelle PICRUSt 2

Contacts : Jean-Philippe Meyniel

Courriel : meyniel@isoft.fr

Structure : ISoft, Parc des Algorithmes, Route de l’Orme, 91190 Saint-Aubin

Date de publication : 14/11/22

Statut : M2 à pourvoir



Implémentation d’une plateforme multi-omique, basée sur la technologie deDataMorphing©, pour la classification en temps réel des patients enenvironnement de production

Contacts : Jean-Philippe Meyniel

Courriel : meyniel@isoft.fr

Structure : ISoft, Parc des Algorithmes, Route de l’Orme, 91190 Saint-Aubin

Date de publication : 14/11/22

Statut : M2 à pourvoir



Étude de la signature transcriptomique de l’activation de cellules de l’immunité innée suite à la reconnaissance de cellules infectées par les virus

Contacts : Carine Rey, Marlène Dreux

Courriel : carine.rey@ens-lyon.fr, marlene.dreux@ens-lyon.fr

Structure : CIRI, INSERM U111, ENS Lyon, directed by Dr F.L. Cosset

Team VIV, directed by Dr M. Dreux

Date de publication : 07/11/22

Statut : M2 à pourvoir



Moustique tigre, résistance/adaptation aux insecticides et épissage alternatif

Contacts : Vincent Lacroix, Jean-Philippe David

Courriel : vincent.lacroix@univ-lyon1.fr, jean-philippe.david@univ-grenoble-alpes.fr

Structure : LBBE

Date de publication : 28/10/22

Statut : M1 ou M2 à pourvoir



Origine et évolution d’une famille majeure de régulateurs de l’apoptose chez les animaux

Contacts : Céline Brochier-Armanet, Nikolay Popgeorgiev

Courriel : celine.brochier-armanet@univ-lyon1.fr,

Structure : LBBE et CRCL - UCBL

Date de publication : 28/10/22

Statut : M1 ou M2 à pourvoir



Création d’un package R et d’une App Shiny pour la visualisation de données biologiques avec Lifemap

Contacts : Damien de Vienne, Aurélie Siberchicot

Courriel : damien.de-vienne@cnrs.fr, aurelie.siberchicot@univ-lyon1.fr

Structure : LBBE - UCBL

Date de publication : 27/10/22

Statut : M2 à pourvoir



Décrypter le dialogue métabolique entre la punaise de lit (Cimex lectularius) et ses partenaires symbiotiques intracellulaires

Contacts : Patrice Baa-Puyoulet, Hubert Charles

Courriel : patrice.baa-puyoulet@inrae.fr, hubert.charles@insa-lyon.fr

Structure : Equipe SymT, UMR203 BF2I, Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions, INSA de Lyon

Date de publication : 26/10/22

Statut : M1/M2 à pourvoir



Étude des points de cassure et de la méthylation par séquençage nanopore

Contact : Claire Bardel

Courriel : claire.bardel@univ-lyon1.fr
Structure : Hospices Civils de Lyon, Groupement Hospitalier Est, Centre de Biologie et Pathologie Est

Date de publication : 25/10/22

Statut : M2 à pourvoir



Analyse des rétrovirus endogènes humains (HERVs) dans les leucémies aiguës myéloïdes

Contact : Laurent Genestier, Vincent Alcazer

Courriel : laurent.genestier@inserm.fr, vincent.alcazer@chu-lyon.fr
Structure : Bâtiment Principal. Faculté de Médecine Lyon-Sud. 165 chemin du Grand Revoyet, 69921 Oullins Cedex.

Date de publication : 25/10/22

Statut : M2 à pourvoir



The role of genomic introgressions in the process of animal domestication

Contact : François Pompanon

Courriel : francois.pompanon@univ-grenoble-alpes.fr
Structure : Laboratoire d’Écologie Alpin, Grenoble

Date de publication : 24/10/22

Statut : M2 à pourvoir



Intégration de données hétérogènes en lien avec l’adaptation à des conditions environnementales changeantes dans une base de données orientée graphe

Contact : Francillonne Nicolas, Johann Confais

Courriel : johann.confais@inrae.fr, nicolas.francillonne@inrae.fr
Structure : Unité de Recherche en Génomique-Info - INRAE, Versailles

Date de publication : 24/10/22

Statut : M2 à pourvoir



Exploitation de données hétérogènes dans une base de données orientée graphe : cas d’usage pour l’adaptation des plantes au changement climatique

Contact : Francillonne Nicolas, Johann Confais

Courriel : johann.confais@inrae.fr, nicolas.francillonne@inrae.fr
Structure : Unité de Recherche en Génomique-Info - INRAE, Versailles

Date de publication : 24/10/22

Statut : M2 à pourvoir



Detection of balancing selection in Ficedula flycatchers

Contact : Laure Ségurel, Carina Farah Mugal

Courriel : laure.segurel@univ-lyon1.fr, carina.mugal@univ-lyon1.fr
Structure : LBBE - UCBL

Date de publication : 24/10/22

Statut : M2 à pourvoir



Étude du lien entre bioaccumulation des métaux et effets au niveau moléculaire et individuel chez l’amphipode Gammarus fossarum

Contact : Davide Degli-Esposti, Christelle Lopes

Courriel : davide.degli-esposti@inrae.fr, christelle.lopes@univ-lyon1.fr
Structure : LBBE - UCBL, RiverLy - INRAE

Date de publication : 24/10/22

Statut : M2 à pourvoir



Connectivité génétique des populations de Sonneurs à ventre jaune en milieu anthropisé

Contact : Jean-Paul Lena, Hugo Cayuela

Courriel : jean-paul.lena@univ-lyon1.fr, hugo.cayuela51@gmail.com
Structure : LEHNA, UCBL

Date de publication : 24/10/22

Statut : M2 à pourvoir



Investigating the origins of phototrophy in Proteobacteria using genomic data

Contact : Sophie Abby, Carole Chobert, Fabien Pierrel

Courriel : sophie.abby@univ-grenoble-alpes.fr, sophie-carole.chobert@univ-grenoble-alpes.fr, fabien.pierrel@univ-grenoble-alpes.fr
Structure : TREE team @TIMC lab (CNRS, Université Grenoble Alpes)

Date de publication : 24/10/22

Statut : M2 à pourvoir



Exploration of joint deconvolution algorithms for omic data

Contact : Magali Richard, Elise Amblard

Courriel : magali.richard@univ-grenoble-alpes.fr, elise.amblard@univ-grenoble-alpes.fr
Structure : TIMC, Grenoble

Date de publication : 13/10/22

Statut : M2 à pourvoir



Mise en place d'un pipeline de conception d'amorces qPCR in silico et application à la détection de plantes envahissantes dans des sols exogènes

Contact : Aurélie Bonin, Florent Baptist

Courriel : aurelie.bonin@argaly.com, fbaptist@solstis-environnement.com
Structure : Argaly (Montmélian, près de Chambéry), Solstis (Voiron, près de Grenoble) 

Date de publication : 30/09/22

Statut : M1/M2 à pourvoir



Prédiction de la résistance aux antibiotiques

Contact : Adelme Bazin, Lilia Boucinha

Courriel : adelme.bazin@evotec.com, lilia.boucinha@evotec.com
Structure : Société Evotec ID Lyon, basée à Gerland, Lyon 7e 

Date de publication : 16/09/22

Statut : M1/M2 pourvu



Alternative splicing as a putative mechanism of neoepitope generation in paraneoplastic neurological syndromes

Contact : Virginie Desestret, Valentin Wucher

Courriel : virginie.desestret@univ-lyon1.fr, valentin.wucher@univ-lyon1.fr 
Structure : French reference center on autoimmune encephalitis and paraneoplastic neurological syndromesHopital Pierre Wertheimer, 69500 Bron

Date de publication : 08/09/22

Statut : M2 à pourvoir



Origine et évolution des lignées d’archées halophiles extrêmes

Contact : Céline Brochier-Armanet

Courriel : celine.brochier-armanet@univ-lyon1.fr
Structure :  LBBE, 43 Bd du 11 Nov 1918, 69100 Villeurbanne

Date de publication : 08/09/22

Statut : M1 ou M2 à pourvoir



Conséquences  évolutives des réarrangements des paysages  régulateurs de l’expression des gènes

Contact : Anamaria Necsulea

Courriel : anamria.necsulea@univ-lyon1.fr
Structure :  LBBE, 43 Bd du 11 Nov 1918, 69100 Villeurbanne

Date de publication : 05/09/22

Statut : M1 ou M2 à pourvoir



Modélisation moléculaire d'un complexe protéique

Contact : Emmanuel Bettler

Courriel : emmanuel.bettler@univ-lyon1.fr
Structure :  IBCP - Equipe EcMo, 7 passage du Vercors, Lyon cedex 7

Date de publication : 05/09/22

Statut : M1 ou M2 à pourvoir



Analyses de génomes de 5 familles avec anencéphalie récurrente

Contact : Audrey Putoux, Anne-Louise Leutenegger

Courriel : audrey.putoux@chu-lyon.fr, anne-louise.leutenegger@inserm.fr
Structure : Equipe GenDev, Centre de Recherche en Neurosciences de Lyon (CRNL), INSERM U1028, UMR CNRS 5292, institut IDEE, 59 Bd Pinel 69500 Bron

en collaboration avec Equipe GenMedStroke, NeuroDiderot INSERM U1141, Hôpital Robert Debré, 75019 Paris

Date de publication : 26/08/22

Statut : M2 à pourvoir




Développement d’une procédure de test pour l’analyse quantitative de ChIP-seq calibrée, et analyse intégrative d’un jeu de données hétérogènes pour étudier l’impact des nucléosomes et de la transcription sur l’organisation 3D des chromosomes

Contact : Pascal Bernard, Laurent Modolo

Courriel : pascal.bernard@ens-lyon.fr, laurent.modolo@ens-lyon.fr
Structure : Laboratoire de Biologie et Modélisation de la Cellule, CNRS/ENS-Lyon, 46 Allée d'Italie - 69364 Lyon cedex 07

 

Date de publication : 26/08/22

Statut : M2 à pourvoir



Stage M2 bioinformatique pour l'annotation fonctionnelle des génomes par séquençage Long-Read Nanopore de transcriptomes de cancers.

Contact : Thomas Derrien

Courriel : thomas.derrien@univ-rennes1.fr

Structure : IGDR (Institut de Génétique & Développement de Rennes) - UMR6290 CNRS -

UR1 - 2 Avenue du Professeur Léon Bernard-35000 Rennes France

Date de publication : 22/07/22

Statut : M2 à pourvoir



Modélisation de la similarité cellulaire et moléculaire entre organoïdes et tissus

Contact : Christophe Battail

Courriel : christophe.battail@cea.fr
Structure : Centre CEA Grenoble
17, rue des Martyrs 38000 Grenoble

 

Date de publication : 20/06/22

Statut : M2 à pourvoir



Deciphering the molecular dialogue between the mutualistic symbiosis between thecereal weevil Sitophilus oryzae and the endosymbiotic bacteria Sodalis pierantonius:datamining of Dual RNA Seq datasets

Contact : Nicolas Parisot, Anna Zaidman-Remy 

Courriel : nicolas.parisot@insa-lyon.fr, anna.zaidman@insa-lyon.fr  

Structure : UMR INRAE/INSA Lyon 203 BF2I (Biologie Fonctionnelle, Insectes et

Interactions) ; INSA Bâtiment Louis Pasteur, 20 avenue Albert Einstein, 69621 Villeurbanne (http://bf2i.insa-lyon.fr)

Date de publication : 20/06/22

Statut : M2 à pourvoir