Dans le cadre du master Bioinfo@Lyon les étudiants sont amenés à réaliser deux stages. La durée des stages est de deux mois pour
le master 1 et de six mois pour le master 2. Ils permettent l'acquisition de 9 et 27 ECTs respectivement.
Les stages sont réalisés individuellement en entreprise ou au sein d'une structure de recherche privée ou publique.
Stages de M2 et de M1 - 2023/2024
Diversité des gènes LILRB1 : création d'une base de séquences de référence, étude de la diversité génétique mondiale et implication fonctionnelle et médicale
Contacts : DI CRISTOFARO Julie
Courriel : julie.dicristofaro@efs.sante.fr
Date de publication : 26/03/2024
Statut : M2 à pourvoir
Développement d'outils moléculaires (metabarcoding) pour l'étude des actinobactériens du sol, focus sur le genre Frankia
Contacts : SHADE Ashley, KIM TIAM Sandra
Courriel : ashley.shade@cnrs.fr, sandra.kim-tiam-fook-chong@univ-lyon1.fr
Date de publication : 26/03/2024
Statut : M1 à pourvoir
Impact des outils d'assemblage de novo sur l'annotation fonctionnelle des génomes assemblés
Contacts : CHESNAIS Virginie
Courriel : virginie.chesnais@anses.fr
Date de publication : 01/02/2024
Statut : M1 à pourvoir
Evaluation des outils de classification de texte pour le nettoyage de métadonnées issues de bases de données publiques
Contacts : CHESNAIS Virginie
Courriel : virginie.chesnais@anses.fr
Date de publication : 01/02/2024
Statut : M1 à pourvoir
Development of informatics tools to store and analyse very large sets of spectral metadata from LC-MS metabolomics experiments
Contacts : DAUWE Rebecca
Courriel : rebecca.dauwe@u-picardie.fr
Date de publication : 21/12/2023
Design of realistic numerical phantoms of C. elegans for 3D image recontruction
Contacts : MICHELET Claire
Courriel : claire.michelet@u-bordeaux.fr
Date de publication : 11/12/2023
Statut : M2 à pourvoir
Annotation et analyse évolutive des gènes responsables du parfum de la lavande laineuse
Contacts : MOJA Sandrine
Courriel : sandrine.moja@univ-st-etienne.fr
Date de publication : 08/11/2023
Dynamique des interactions entre promoteurs et régions régulatrices au cours du développement hépatique chez le porc et le poulet à l'aide de données de promoteur capture Hic
Contacts : ACLOQUE Hervé et FOISSAC Sylvain
Courriel : herve.acloque@inrae.fr et sylvain.foissac@inrae.fr
Date de publication : 08/11/2023
Analyse des insertions d'éléments transposables dans un génome viral par séquençage à lectures longues (Nanopore)
Contacts : FABLET Marie et LACROIX Vincent
Courriel : marie.fablet@univ-lyon1.fr et vincent.lacroix@univ-lyon1.fr
Date de publication : 30/10/2023
Etudier les vulnérabilités du puceron du pois en développant un modèle mathématique de son métabolisme
Contacts : GERLIN Léo
Courriel : leo.gerlin@insa-lyon.fr
Date de publication : 30/10/2023
Développement d'outils bio-informatiques dédiés à l'analyse de l'épitranscriptomique des ARN ribosomiques
Contacts : MARCEL Virginie
Courriel : virginie.marcel@lyon.unicancer.fr
Date de publication : 26/10/2023
Le silure aux abords des ouvrages de franchissement en grandes rivières : facteurs biotiques et abiotiques de présence et analyse comportementale
Contacts : ROY Romain et WESTRELIN Samuel
Courriel : romain-r.roy@edf.fr et samuel.westrelin@inrae.fr
Date de publication : 24/10/2023
Recherche des déterminants génomiques de la diversité phénotypique chez les mammifères
Contacts : BOUSSAU Bastien
Courriel : bastien.boussau@univ-lyon1.fr
Date de publication : 18/10/2023
Bio-informatique structurale
Contacts : HUET Simon
Courriel : bioinformatics+md2024@affilogic.com
Date de publication : 18/10/2023
Recherche de facteurs génétiques de prédisposition aux infections sévères par des légionnelles
Contacts : BARDEL Claire et GINEVRA Christophe
Courriel :claire.bardel@chu-lyon.fr ; christophe.ginevra@chu-lyon.fr
Date de publication : 17/10/2023
Stage 6 mois - Chargé de développement procédés vaccins H/F
Contacts : SEBY Kevin
Courriel :kevin.SEBY-ext@sanofi.com
Date de publication : 17/10/2023
Vers un génome de référence du chevreuil à partir de séquençage long-road nanopore
Contacts : BOULESTEIX Matthieu et DEVILLARD Sébastien
Courriel :matthieu.boulesteix@univ-lyon1.fr et sebastien.devillard@univ-lyon1.fr
Date de publication : 17/10/2023
Etude des processus évolutifs impliqués dans la thermoadaptation des protéines
Contacts : BROCHIER-ARMANET Céline
Courriel :celine.brochier-armanet@univ-lyon1.fr
Date de publication : 17/10/2023
Development of in silico samples and benchmarking of splicing and fusion detection tools applied in a clinical setting
Contacts : BARRITAULT Marc et WUCHER Valentin
Courriel : marc.barritault@chu-lyon.fr ; valentin.wucher@univ-lyon1.fr
Date de publication : 16/10/2023
Bioinformatic study of Bathyarchaeia metabolisms in continental wetlands
Contacts : COFFINET Sarah
Courriel : sarah.coffinet@univ-rennes.fr
Date de publication : 16/10/2023
Etude du profil génétique et immunologique des tumeurs malignes solides et hématologiques de tous types histologiques à un stade avancé de la cohorte ProfiLER
Contacts : DROUET Youenn et HASAN Uzma
Courriel : youenn.drouet@lyon.unicancer.fr et uzma.hasan@lyon.unicancer.fr
Date de publication : 11/10/2023
Implémentation d'une analyse de pangenome graph pour l'investigation des épidémies, entité SPAAD (H/F)
Contacts : MERDA Deborah
Courriel : deborah.merda@anses.fr
Date de publication : 11/10/2023
Intégration de connaissances liées à des ressources génétiques et génomiques, dans une base de données graphe
Contacts : FLORES Raphaël
Courriel : raphael.flores@inrae.fr
Date de publication : 09/10/2023
Stratégie de conservation en milieu alluvial : étude de la structure de la diversité génétique et écologique de Sparganium emersum dans le bassin du Rhône
Contacts : BOISSEZON Aurélie
Courriel : aurélie.boissezon@hesge.ch
Date de publication : 05/10/2023
Intégration et exploitation de données hétérogènes en lien avec l'adaptation à des conditions environnementales changeantes dans une base de données orientée graphe
Contacts : FRANCILLONNE Nicolas et CONFAIS Johann
Courriel : nicolas.francillonne@inrae.fr et johann.confais@inrae.fr
Date de publication : 04/10/2023
Identification of metabolic pathways involved in carbon sources respiration under anaerobic conditions in silico and validation of prediction in vitro using Dickeya dadantii model strain
Contacts : HAICHAR Feth el Zahar
Courriel : feteh-el-zahare@insa-lyon.fr
Date de publication : 04/10/2023
Deciphering the origins of photography in pseudomonadota (Proteobacteria) using genomic data
Contacts : ABBY Sophie et PIERREL Fabien
Courriel : sophie.abby@univ-grenoble-alpes.fr ; fabien.pierrel@univ-grenoble-alpes.fr
Date de publication : 04/10/2023
Développement de worflow ETL et d'interfaces web pour le portail de données plantes FAIDARE
Contacts : POMMIER Cyril
Courriel : cyril.pommier@inrae.fr
Date de publication : 04/10/2023
Caractérisation des communautés bactériennes dans les sédiments et les eaux de surface d'estuaires sous influence ultrabasique
Contacts :GOURMELON Michèle
Courriel : michele.gourmelon@ifremer.fr
Date de publication : 04/10/2023
Phylogenetic inference in recombinant sequences using Hidden Markov models. application to the study of gene conversion dynamics in paramecium
Contacts :GUEGEN Laurent
Courriel : laurent.gueguen@univ-lyon1.fr
Date de publication : 02/10/2023
Efficacité du traitement de désinfection des eaux des stations d'épuration par l'acide performique
Contacts : JUSSELME Dung
Courriel : jusselm@u-pec.fr
Date de publication : 02/10/2023
Detection of balancing selection in Ficedula flycatchers
Contacts : SEGUREL Laure, MUGAL FARAH Carina
Courriel : laure.segurel@univ-lyon1.fr et carina.mugal@univ-lyon1.fr
Date de publication : 02/10/2023
Construction de modèles d'états Markoviens pour l'analyse de simulations de dynamique moléculaire
Contacts : BLANC Florian, WALKER Olivier
Courriel : flblanc@biophys.mpg.de ; olivier.walker@univ-lyon1.fr
Date de publication : 25/09/2023
Genotypage de variants structuraux avec des données de séquençage de type linked-reads
Contacts : LEMAITRE Claire
Courriel : claire.lemaitre@inria.fr
Date de publication : 21/09/2023
Internship project : joint gene expression and open chromatin profiling from the same nuclei during muscle fusion
Contacts : LE GRAND Fabien
Courriel : fabien.le-grand@cnrs.fr
Date de publication : 21/09/2023
Internship project : single-cell/nuclei functional analysis of skeletal muscle regeneration
Contacts : LE GRAND Fabien
Courriel : fabien.le-grand@cnrs.fr
Date de publication : 21/09/2023
Computational approaches to study tumor heterogeneity and evolution of tumor cells populations
Contacts : RICHARD Magali
Courriel : magali.richard@univ-grenoble-alpes.fr
Date de publication : 07/09/2023
Investigation of the role of splicing variants in the context of speciation
Contacts : MUGAL FARAH Carina et NECSULEA Anamaria
Courriel : carina.mugal@univ-lyon1.fr ; anamaria.necsulea@univ-lyon1.fr
Date de publication : 06/09/2023