Stages


Dans le cadre du master Bioinfo@Lyon les étudiants sont amenés à réaliser deux stages. La durée des stages est de deux mois pour le master 1 et de six mois pour le master 2. Ils permettent l'acquisition de 9 et 27 ECTs respectivement.

Les stages sont réalisés individuellement en entreprise ou au sein d'une structure de recherche privée ou publique.


Stages de M2 et de M1


Gènes de prédisposition à la sarcoïdose, une maladie granulomateuse multi systémique : Analyse des données génétiques issues du whole genome sequencing & Confirmation des variants par SANGER et PCR quantitative

Contact : M. Alain Calender

Courriel : alain.calender@chu-lyon.fr

Structure : Inflammation & Immunity of the Respiratory Epithelium - EA7426 (PI3)

Date de publication : 12 juillet 2017

Statut : à pourvoir (niveau M1 ou M2)



Dynamique des éléments transposables et évolution de l'organisation des nucléosomes

Contacts : MM. Frédéric Brunet & Benjamin Audit

Courriels : frederic.brunet@ens-lyon.fr, benjamin.audit@ens-lyon.fr

Structures : Institut de Génomique Fonctionnelle de Lyon & Laboratoire de Physique de l'ENS de Lyon

Date de publication : 12 juillet 2017

Statut : à pourvoir (niveau M2)



Comparaison de méthodes de classification d’ARNs non-codants

Contacts : Mme. Anamaria Necsulea & M. Eric Tannier

Courriels : anamaria.necsulea@univ-lyon1.fr & eric.tannier@univ-lyon1.fr

Structures : Laboratoire de Biométrie et Biologie Évolutive - UMR5558

Date de publication : 16 septembre 2017

Statut : à pourvoir (niveau M1)



Influences croisées entre le paysage régulateur de l’expression des gènes et l’évolution à grande échelle des génomes

Contacts : Mme Anamaria Necsulea & M. Eric Tannier

Courriels : anamaria.necsulea@univ-lyon1.fr, eric.tannier@univ-lyon1.fr

Structures : Laboratoire de Biométrie et Biologie Évolutive - UMR5558

Date de publication : 16 septembre 2017

Statut : à pourvoir (niveau M2)



Épissage alternatif dans les génomes animaux : diversité fonctionnelle ou fardeau génétique ?

Contacts : M. Laurent Duret

Courriels : laurent.duret@univ-lyon1.fr

Structures : Laboratoire de Biométrie et Biologie Évolutive - UMR5558

Date de publication : 16 septembre 2017

Statut : à pourvoir (niveau M1 ou M2)



Affinité simulée par calcul intensif de dynamique moléculaire du glutathion pour le complexe peroxyrédoxine-sulfirédoxine

Contacts : M. Jean-Marc Lancelin & Mme Florence Guillière

Courriels : jean-marc.lancelin@univ-lyon1.fr, florence.guilliere@univ-lyon1.fr

Structures : Institut des Sciences Analytiques - UMR 5280

Date de publication : 16 septembre 2017

Statut : à pourvoir (niveau M2)



Effet d’inhibiteurs réversibles sur la fluctuation de dynamique moléculaire d’une enzyme étudiés par simulation numérique et RMN

Contacts : M. Jean-Marc Lancelin & Mme Florence Guillière

Courriels : jean-marc.lancelin@univ-lyon1.fr, florence.guilliere@univ-lyon1.fr

Structures : Institut des Sciences Analytiques - UMR 5280

Date de publication : 16 septembre 2017

Statut : à pourvoir (niveau M1)



Rôle de la variabilité de l’expression génique au cours de l’établissement des syndromes myélodysplasiques et de leur évolution en leucémies

Contacts : Mme Angélique Richard & Mme Sandrine Giraud & M. Olivier Gandrillon

Courriels : angelique.richard@ens-lyon.fr,
sandrine.giraud@ens-lyon.fr, olivier.gandrillon@ens-lyon.fr

Structures : LBMC, UMR 5239

Date de publication : 25 septembre 2017

Statut : à pourvoir (niveau M2)



Suivi prospectif des patients présentant une maladie rénale chronique

Contact : M. Emmanuel Villar

Courriel : evillar@ch-stjoseph-stluc-lyon.fr
Structures : Service de Néphrologie – Hémodialyse, CH St Joseph St Luc

Date de publication : 27 septembre 2017

Statut : à pourvoir (niveau M1)



Comparer des génomes pour détecter des évènements de transfert horizontal d’ADN

Contacts : M. Sylvain Charlat & M. Julien Varaldi

Courriels : sylvain.charlat@univ-lyon1.fr, julien.varaldi@univ-lyon1.fr
Structures : Laboratoire de Biométrie et Biologie Évolutive - UMR 5558

Date de publication : 27 septembre 2017

Statut : à pourvoir (niveau M1)



Scaffolding du génome de Pteropus giganteus, réservoir de nombreux virus hautement pathogènes

Contact : M. Julien Fouret

Courriel : julien.fouret@viroscan3d.com
Structures : CIRI, ViroScan3D

Date de publication : 27 septembre 2017

Statut : à pourvoir (niveau M2)



Intégration de données métabolomiques et protéomiques pour la prédiction du développement du syndrome métabolique

Contacts : Mme Estelle Pujos-Guillot & Mme Blandine Comte

Courriels : estelle.pujos-guillot@inra.fr, blandine.comte@inra.fr,
Structures : Unité de Nutrition Humaine, UMR 1019

Date de publication : 27 septembre 2017

Statut : à pourvoir (niveau M2)



Mise en place d’une base de données de référence sur la méthylation des ARN ribosomiques murins pour des analyses transcriptomiques innovantes par RiboMeth-Seq.

Contact : M. Mathieu Gabut

Courriel : mathieu.gabut@inserm.fr
Structures : Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon

Date de publication : 28 septembre 2017

Statut : à pourvoir (niveau M2)



Impact de flux de gênes intermittents ou pulsés sur la divergence génétique des populations

Contacts : M. Vincent Calcagno & M. Frédéric Grognard & Thomas Guillemaud & M. Ludovic Mailleret

Courriel : vincent.calcagno@inra.fr

Structures : Institut Sophia Agrobiotech

Date de publication : 28 septembre 2017

Statut : à pourvoir (niveau M1 ou M2)



Développement et optimisation d’un outil de simulation en C++ de données génomiques en populations spatialisées

Contacts : M. François-David Collin & M. Raphaël Leblois & Alexandre Dehne-Garcia

Courriels : francois-david.collin@umontpellier.fr, raphael.leblois@inra.fr, alexandre.dehne-garcia@inra.fr

Structures : INRA–CBGP, Montpellier & Université de Montpellier-IMAG

Date de publication : 28 septembre 2017

Statut : à pourvoir (niveau M2)



Développement d’outils bioinformatiques pour la spectrométrie de masse appliquée à la microbiologie

Contact : M. Jean-Philippe Charrier

Courriel : jean-philippe.charrier@biomerieux.com

Structures : bioMérieux

Date de publication : 28 septembre 2017

Statut : à pourvoir (niveau M2)



Développement et évaluation d’un pipeline bioinformatique pour l'analyse du viromeHumain à visée à la fois diagnostique et de recherche biomédicale

Contacts : Mme Laurence Josset & M. Vincent Navratil

Courriels : laurence.josset@chu-lyon.fr, navratil@prabi.fr

Structures : CIRI, VirPath, HCL, PRABI-AMSB,
Université de Lyon

Date de publication : 28 septembre 2017

Statut : à pourvoir (niveau M2)



Traitement et analyse de données de génomique pour l’interprétation des signatures mutationnelles dans le domaine de l’épidémiologie moléculaire du cancer

Contact : Mme Magali Olivier

Courriel : olivierm@iarc.fr

Structures : Centre International de Recherche sur le Cancer (CIRC/IARC), Groupe Mécanismes Moléculaires et Biomarqueurs (MMB)

Date de publication : 29 septembre 2017

Statut : à pourvoir (niveau M2)



Étude évolutive de la composition des génomes bactériens : le rôle des processus non adaptatifs

Contacts : M. Vincent Daubin & M. Laurent Guéguen

Courriels : vincent.daubin@univ-lyon1.fr, laurent.gueguen@univ-lyon1.fr

Structures : Laboratoire de Biométrie et Biologie Évolutive - UMR 5558

Date de publication : 05/10/2017

Statut : à pourvoir (niveau M1 ou M2)



Étude transcriptomique dans les réactions post-transfusionnelles plaquettaires

Contact : Mme Sandrine Laradi

Courriel : sandrine.laradi@univ-st-etienne.fr

Structures : GIMAP/EA3064, Faculté de Médecine Jacques Lisfranc, Université de Lyon-Saint Etienne

Date de publication : 05/10/2017

Statut : à pourvoir (niveau M1)



Évolution de l’architecture des génomes à l’échelle de l’arbre de la vie

Contacts : Mme Annabelle Haudry & M. Laurent Duret & Simon Penel

Courriels : annabelle.haudry@univ-lyon1.fr, laurent.duret@univ-lyon1.fr, simon.penel@univ-lyon1.fr

Structures : Laboratoire de Biométrie et Biologie Évolutive - UMR 5558

Date de publication : 05/10/2017

Statut : à pourvoir (niveau M2)



Utilisation des techniques NGS en diagnostic sanitaire des végétaux

Contact : M. Jean-Emmanuel Gerbault

Courriel : jean-emmanuel.gerbault@anses.fr

Structures : ANSES, Unité de quarantaine

Date de publication : 05/10/2017

Statut : à pourvoir (niveau M2)



Appréhender les données non structurées à l’aide du Text Mining

Contact : Mme Céline Jean-Boisde

Courriel : celine.jean-boisde@servier.com

Structures : SERVIER, Suresnes (92)

Date de publication : 18/10/2017

Statut : à pourvoir (niveau M2)