Stages


Dans le cadre du master Bioinfo@Lyon les étudiants sont amenés à réaliser deux stages. La durée des stages est de deux mois pour le master 1 et de six mois pour le master 2. Ils permettent l'acquisition de 9 et 27 ECTs respectivement.

Les stages sont réalisés individuellement en entreprise ou au sein d'une structure de recherche privée ou publique.


Stages de M2 et de M1


Evolutionary history of Mycobacterium tuberculosis Lineages L1 and L3 at the worldwide scale using Whole Genome Sequencing (WGS) data

Contact : M. Yann Reynaud

Courriel : yreynaud@pasteur-guadeloupe.fr

Structure : Tuberculosis & Mycobacteria Unit, Institu Pasteur de la Guadeloupe

Date de publication : 4 novembre 2016

Statut : à pourvoir (M2)



Gènes de prédisposition à la sarcoïdose, une maladie granulomateuse multi systémique : Analyse des données génétiques issues du whole exome sequencing et confirmation des variants par sanger et PCR quantitative

Contact : M. Alain Calender

Courriel : alain.calender@chu-lyon.fr

Structure : Inflammation & Immunity of the Respiratory Epithelium (EA 7426)

Date de publication : 4 novembre 2016

Statut : à pourvoir (M2)



Transcriptome-wide analysis of cellular alternative splicing events in influenza A virus infected cells

Contact : M. Vincent Lacroix, M. Vincent Navratil, Mme Nadia Naffakh

Courriel : vincent.lacroix@univ-lyon1.fr, vincent.navratil@prabi.fr, nadia.naffakh@pasteur.fr

Structure : Laboratoire de Biométrie et Biologie Évolutive (UMR 5558) & Institut Pasteur

Date de publication : 19 octobre 2016

Statut : à pourvoir (M1 ou M2)



Reconstruction de génomes microbiens complets à partir de données de métagénomique

Contact : M. Matthieu Barret, M. Martial Briand, M. Gilles Hunault

Courriel : matthieu.barret@angers.inra.fr, martial.briand@angers.inra.fr, gilles.hunault@univ-angers.fr

Structure : Institut de Recherche en Horticulture et Semences (UMR 1345)

Date de publication : 19 octobre 2016

Statut : à pourvoir (M1 ou M2)



Étude évolutive de la composition des génomes bactériens : le rôle des processus non-adaptatifs

Contact : M. Vincent Daubin, M. Laurent Guegen

Courriel : vincent.daubin@univ-lyon1.fr, laurent.gueguen@univ-lyon1.fr

Structure : Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive (UMR 5558)

Date de publication : 30 septembre 2016

Statut : à pourvoir (M1 ou M2)



Maximum entropy models for gene regulation : development and application to lung cancer

Contact : M. Daniel Jost

Courriel : daniel.jost@imag.fr

Structure : Techniques de l’Ingénierie Médicale et de la Complexité - Informatique, Mathématiques et Applications, Grenoble (UMR 5525)

Date de publication : 17 septembre 2016

Statut : à pourvoir



Identification of epigenetic hotspots in lung cancer

Contact : M. Daniel Jost, Mme Magali Richard

Courriel : daniel.jost@imag.fr

Structure : Techniques de l’Ingénierie Médicale et de la Complexité - Informatique, Mathématiques et Applications, Grenoble (UMR 5525)

Date de publication : 17 septembre 2016

Statut : à pourvoir



Traitement de séquences biologiques de nouvelle génération

Contact : Mme Camille Merchet, M. Pierre Peterlongo

Courriel : camille.marchet@irisa.fr, pierre.peterlongo@inria.fr

Structure : Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (UMR 6074) - Rennes

Date de publication : 17 septembre 2016

Statut : à pourvoir



Genomix - Plateforme de génomique de Montpellier

Contact : Mme Stéphanie Rialle

Courriel : mgx@mgx.cnrs.fr

Structure : Plateforme MGX - Institut de Génomique Fonctionnelle de Montpellier

Date de publication : 14 septembre 2016

Statut : à pourvoir



Interactome nucléaire de la protéine core du virus de l’hépatite B

Contact : M. Christophe Combet, M. David Durantel, Mme Anna Salvetti

Courriel : christophe.combet@inserm.fr, david.durantel@inserm.fr, anna.salvetti@inserm.fr

Structure : Centre de recherche en cancérologie - Lyon (UMR Inserm U1052 – CNRS 5286 )

Date de publication : 8 septembre 2016

Statut : à pourvoir



Modelling structure and affinity of protein-protein interactions fromflow-cytometry data and biomolecular simulations

Contact : M. Martin Spichty, M. David Cluet

Courriel : martin.spichty@ens-lyon.fr, david.cluet@ens-lyon.fr

Structure : Laboratoire de Biologie Moléculaire de la Cellule (UMR5239) - Lyon

Date de publication : 11 septembre 2016

Statut : à pourvoir



Etude transcriptomique et protéomique dans les réactions post-transfusionnelles plaquettaires

Contact : Mme. Sandrine Laradi

Courriel : sandrine.laradi@univ-st-etienne.fr

Structure : Groupe sur l'Immunité des Muqueuses et Agents Pathogènes (UJM) - Saint-Étienne

Date de publication : 27 août 2016

Statut : à pourvoir



Identification de pathogènes bactériens et antibio-résistance dans des élevages de salmonidés

Contact : M. Jean-Christophe Giard

Courriel : jean-christophe.giard@unicaen.frr

Structure :  Unité de Recherche Risques Microbiens - Caen

Date de publication : 27 août 2016

Statut : à pourvoir



Étude de la dynamique des réarrangements génomiques

Contact : M. Laurent Gueguen et M. Eric Tannier

Courriel : laurent.gueguen@univ-lyon1.fr, eric.tannier@univ-lyon1.fr

Structure :  Laboratoire de Biométrie et Biologie Évolutive (UCBL / CNRS) - Lyon

Date de publication : 19 juillet 2016

Statut : à pourvoir



Changements génomiques et domestication chez la vigne

Contact : Mme Raquel Tavares et M. Gabriel Marais

Courriel : raquel.tavares@univ-lyon1.fr, gabriel.marais@univ-lyon1.fr

Structure :  Laboratoire de Biométrie et Biologie Évolutive (UCBL / CNRS) - Lyon

Date de publication : 18 juillet 2016

Statut : à pourvoir



Caractérisation génétique du « clone Lyon » de Staphylococcus aureus par analyse des données de WGS

Contact : M. Frédéric Laurent et Mme Patricia Martins Simoes

Courriel : frederic.laurent@univ-lyon1.fr, patricia.martins-simoes01@chu-lyon1.fr

Structure : Centre International de Recherche en Infectiologie - INSERM U1111 / UMR CNRS 5308 (ENS-UCBL) - Lyon

Date de publication : 22 juin 2016

Statut : à pourvoir



Detection of extinct (and unknown) prokaryotic diversity

Contact : M. Damien de Vienne

Courriel : damien.de-vienne@univ-lyon1.fr

Structure : Laboratoire de Biométrie et Biologie Évolutive (UCBL / CNRS) - Lyon

Date de publication : 16 juin 2016

Statut : à pourvoir



Comparaison  d'outils   bioinformatiques   pour  la  détection d'insertions d'éléments transposables polymorphes et mise en place d'un jeu de données de test robuste

Contact : Mme. Emmanuelle Lerat

Courriel : emmanuelle.lerat@univ-lyon1.fr

Structure : Laboratoire de Biométrie et Biologie Évolutive (UCBL / CNRS) - Lyon

Date de publication : 9 juin 2016

Statut : pourvu



Immunité antivirale et pathogènes génomiques

Contact : Mme. Marie Fablet

Courriel : marie.fablet@univ-lyon1.fr

Structure : Laboratoire de Biométrie et Biologie Évolutive (UCBL / CNRS) - Lyon

Date de publication : 7 juin 2016

Statut : à pourvoir



Modèles bayésiens intégratifs pour la morphométrie

Contact : M. Nicolas Lartillot

Courriel : nicolas.lartillot@univ-lyon1.fr

Structure : Laboratoire de Biométrie et Biologie Évolutive (UCBL / CNRS) - Lyon

Date de publication : 3 juin 2016

Statut : à pourvoir



Évolution des architectures génomiques mono/multi-partites des Prevotellaceae

Contact : Mme Bénédicte Lafay & M. Eric Tannier

Courriel : benedicte.lafay@ec-lyon1.fr ; eric.tannier@inria.fr

Structure : Laboratoire de Biométrie et Biologie Évolutive (UCBL / CNRS) - Lyon

Date de publication : 2 juin 2016

Statut : à pourvoir



Epissage alternatif et progression tumorale

Contact : M. Didier Auboeuf

Courriel : didier.auboeuf@inserm.fr

Structure : Laboratoire de Biologie et Modélisation de la Cellule - Lyon

Date de publication : 29 avril 2016

Statut : à pourvoir



Limitations to admixture between modern humans and Neandertals : mitochondrial incompatibilities?

Contact : M. Laurent Duret

Courriel : laurent.duret@univ-lyon1.fr

Structure : Laboratoire de Biométrie et Biologie Évolutive (UCBL / CNRS) - Lyon

Date de publication : 12 avril 2016

Statut : à pourvoir



Exploration de la face cachée de la recombinaison: mutation, conversion et évolution des génomes animaux

Contact : M. Laurent Duret

Courriel : laurent.duret@univ-lyon1.fr

Structure : Laboratoire de Biométrie et Biologie Évolutive (UCBL / CNRS) - Lyon

Date de publication : 12 avril 2016

Statut : à pourvoir



Domestication de gènes viraux chez les guêpes parasitoïdes

Contact : M. Julien Varaldi

Courriel : julien.varaldi@univ-lyon1.fr

Structure : Laboratoire de Biométrie et Biologie Évolutive (UCBL / CNRS) - Lyon

Date de publication : 30 mars 2016

Statut : à pourvoir