Stages


Dans le cadre du master Bioinfo@Lyon les étudiants sont amenés à réaliser deux stages. La durée des stages est de deux mois pour le master 1 et de six mois pour le master 2. Ils permettent l'acquisition de 9 et 27 ECTs respectivement.

Les stages sont réalisés individuellement en entreprise ou au sein d'une structure de recherche privée ou publique.


Stages de M2 et de M1



Développement d'un outil bioinformatique de détection d'enrichissement épigénétique d'éléments transposables : application à la comparaison de tissus et de conditions

Contact : Emmanuelle Lerat

Courriel : emmanuelle.lerat@univ-lyon1.fr,

Structure : Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive, UMR CNRS 5558, Villeurbanne

Date de publication : 16/07/2018

Statut : M2 à pourvoir



Développement et implémentation de différentes méthodes pour la détection de transferts horizontaux entre génomes eucaryotes

Contact : Emmanuelle Lerat, Gabriel Wallau

Courriel : emmanuelle.lerat@univ-lyon1.fr, gabriel.wallau@cpqam.fiocruz.br

Structure : Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive, UMR CNRS 5558, Villeurbanne

Date de publication : 16/07/2018

Statut : M2 à pourvoir



Développement d'un programme permettant l'évaluation d'outils bioinformatiques de détection d’éléments transposables polymorphes

Contact : Emmanuelle Lerat

Courriel : emmanuelle.lerat@univ-lyon1.fr

Structure : Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive, UMR CNRS 5558, Villeurbanne

Date de publication : 05/09/2018

Statut : M2 à pourvoir



Intégration d’informations hétérogènes avec données de génomique comparative

Contact : Raphaël Flores

Courriel : raphael.flores@inra.fr

Structure : Unité de Recherche Génomique Info, Versailles

Date de publication : 05/09/2018

Statut : M2 à pourvoir



Evolution de l’architecture des génomes à l’échelle de l’arbre de la vie

Contact : Annabelle Haudry, Damien De Vienne, Laurent Duret, Simon Penel

Courriel : annabelle.haudry@univ-lyon1.fr

Structure : Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive, UMR CNRS 5558, Villeurbanne

Date de publication : 05/09/2018

Statut : M2 à pourvoir



Identification des déterminants génétique du sexe chez un rongeur

Contact : Laurent Jacob

Courriel : laurent.jacob@univ-lyon1.fr

Structure : Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive, UMR CNRS 5558, Villeurbanne

Date de publication : 05/10/2018

Statut : M1 à pourvoir



Analyse d’activités cellulaires en single-cell dans des populations cancéreuses et étude de la diversité phénotypique

Contact : Pierre Martinez

Courriel : pierre.martinez@lyon.unicancer.fr

Structure : Centre de recherche en cancérologie de Lyon

Date de publication : 05/10/2018

Statut : M1 à pourvoir



Epissage alternatif et progression tumorale

Contact : Didier Auboeuf

Courriel : didier.auboeuf@inserm.fr

Structure : ENS Lyon

Date de publication : 05/10/2018

Statut : M2 à pourvoir



Interaction between epigenetic and nutritional factors in the maintenance of highvariation in an exaggerated sexually selected trait

Contact : Abderrahman Klifa

Courriel : abderrahman.khila@ens-lyon.fr

Structure : ENS Lyon

Date de publication : 05/10/2018

Statut : M2 à pourvoir



Impact d’une migration temporellement fluctuante sur la structurationgénétique des populations subdivisées

Contact : Flora Aubree, Vincent Calcagno, Thomas Guillemaud

Courriel : flora.aubree@inra.fr

Structure : Institut Sophia Agrobiotech (INRA Sophia Antipolis), équipes M2P2 (Modèles et Méthodes pour la Protection des Plantes) et BPI (Biologie des Populations Introduites)

Date de publication : 05/10/2018

Statut : M1, M2 à pourvoir



Histoire évolutive des virus phytopathogènes : Apport de l’ARN ancien issu de spécimens historiques d’herbiers

Contact : Adrien Rieux, Jean-Michel Lett

Courriel : adrien.rieux@cirad.fr, lett@cirad.fr

Structure : CIRAD – UMR PVBMT, St Pierre de la Réunion

Date de publication : 05/10/2018

Statut : M2 à pourvoir



Utilisation des techniques NGS en diagnostic sanitaire des végétaux

Contact : Jean-Emmanuel Gerbault

Courriel : jeanemmanuel.gerbault@anses.fr

Structure : Unité de quarantaine, Lempdes

Date de publication : 05/10/2018

Statut : M2 à pourvoir



Comparaison de méthodes d’analyses des copy number variations pour l’analyse de l’ADN libre circulant

Contact : Mauger Florence, Morgane Pierre-Jean,
Lilia Mesrob

Courriel : mauger@cng.fr, mpierre@cng.fr, lilia.mesrob@cng.fr

Structure : CEA -Centre National de Recherche en Génomique Humaine, EVRY

Date de publication : 05/10/2018

Statut : M2 à pourvoir



Analyse de données de génomique pour l’interprétation des signatures mutationnelles dans le domaine de l’épidémiologie moléculaire du cancer

Contact : Jiri Zavadil, Magali Olivier

Courriel : olivierm@iarc.fr

Structure : Centre International de Recherche sur le Cancer (CIRC/IARC), Groupe Mécanismes Moléculaires et Biomarqueurs (MMB), Lyon

Date de publication : 10/10/2018

Statut : M2 à pourvoir



Elaboration d’un pipeline diagnostique de détection des CNV sur génome complet

Contact : Claire Bardel, Pierre-Antoine Rollat-Farnier

Courriel : claire.bardel@univ-lyon1.fr, pierre-antoine.rollat-farnier@chu-lyon.fr

Structure : Hospices Civils de Lyon, Groupement Hospitalier Est, Centre Biologie et Pathologie Est

Date de publication : 18/10/2018

Statut : M2 à pourvoir



Development of bioinformatic tools for an innovative RNA-seq basedapproach dedicated to rRNA epigenetic: the RiboMETH-seq

Contact : Virginie Marcel, Janice Kielbassa

Courriel : virginie.marcel@lyon.unicancer.fr, janice.kielbassa@lyon.unicancer.fr
Structure : Cancer Research Center of Lyon/Centre Léon Bérard/Fondation Synergie Lyon Cancer

Date de publication : 18/10/2018

Statut : M2 à pourvoir



Comparaisons de différentes stratégies analytiques pour les données de métabarcoding et de métagénomique dans le cadre de deux projets de recherche

Contact : Florentin Constancias, Julie Revaillaud

Courriel : florentin.constancias@cirad.fr Julie.reveillaud@cirad.fr
Structure : CIRAD Montpellier

Date de publication : 12/11/2018

Statut : M2 à pourvoir



Regulation of gene expression dynamics in space and time

Contact : Mirko Francesconi

Courriel : mirko.francesconi@ens-lyon.fr
Structure : ENS Lyon

Date de publication : 12/11/2018

Statut : M2 à pourvoir



Analyse de trajectoires de dynamique moléculaire

Contact : Juliette Martin

Courriel : juliette.martin@ibcp.fr
Structure : CNRS UMR 5086 CNRS Université Lyon

Date de publication : 12/11/2018

Statut : M1, M2 à pourvoir



Convergence génomique et mode de reproduction chez les nématodes

Contact : Marie Sémon, Bastien Boussau, Carine Rey,  Marie Delattre

Courriel : marie.semon@ens-lyon.fr bastien.boussau@univ-lyon1.fr
Structure : LBMC Lyon, Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive, UMR CNRS 5558, Villeurbanne

Date de publication : 12/11/2018

Statut : M2 à pourvoir



Bio-informatiques pour la recherche de toxines chez les micro-algues – développement deréseaux moléculaires à partir de données de spectrométrie de masse haute résolution (HRMS)

Contact : Samuel Bertrand, Manoëlla Sibat-Dubois

Courriel : samuel.bertrand@univ-nantes.fr manoella.sibat@ifremer.fr
Structure : Laboratoire Mer Molécules Santé (MMS) équipe Chimiodiversité des champignons marins et
valorisation (ChiChaMVa), Université de Nantes
Laboratoire Phycotoxines (PHYC), IFREMER - Centre Atlantique, Nantes

Date de publication : 12/11/2018

Statut : M2 à pourvoir



Développement d’outils bioinformatiques pour la spectrométrie de masse appliquée à la microbiologie

Contact : Jean-Philippe Charrier

Courriel : jean-philippe.charrier@biomerieux.com
Structure : Biomérieux, Marcy l'Etoile

Date de publication : 13/11/2018

Statut : M2 à pourvoir



Bioinformatique et métagénomique

Contact : Aurelien Griffon

Courriel : aurelien.griffon@biomerieux.com
Structure : Biomérieux, Marcy l'Etoile

Date de publication : 13/11/2018

Statut : M1, M2 à pourvoir



Développement d'un logiciel pour l'analyse de la dynamique des protéines multi-domaines par résonance magnétique nucléaire

Contact : Olivier Walker

Courriel : olivier.walker@univ-lyon1.fr
Structure : Institut des Sciences Analytiques, UMR5280 Villeurbanne

Date de publication : 13/11/2018

Statut : M1, M2 à pourvoir



Déterminants épigénomiques et mutationnels de l'immortalisation de cellules primaires induite par des agents cancerigènes

Contact : Jiri Zavadil, Michael Korenjak

Courriel : korenjakm@iarc.fr
Structure : Centre International de Recherche sur le Cancer (CIRC/IARC), Groupe Mécanismes Moléculaires et Biomarqueurs (MMB), Lyon

Date de publication : 13/11/2018

Statut : M2 à pourvoir



Développement d’application cloud computing pour la caractérisation de microorganismes par spectrométrie de masse

Contact : Jean-Philippe Charrier

Courriel : jean-philippe.charrier@biomerieux.com
Structure : Biomérieux, Marcy l'Etoile

Date de publication : 13/11/2018

Statut : M2 à pourvoir



Génomique et transcriptomique comparative des punaises de lit : vers l’identificationdes déterminants de la résistance aux insecticides

Contact : Julien Varaldi, Hélène Henri, Romain Lasseur

Courriel : julien.varaldi@univ-lyon1.fr
Structure : Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive, UMR CNRS 5558, Villeurbanne
Université Lyon 1

Date de publication : 13/11/2018

Statut : M2 à pourvoir