Stages (page 1/2)


Dans le cadre du master Bioinfo@Lyon les étudiants sont amenés à réaliser deux stages. La durée des stages est de deux mois pour le master 1 et de six mois pour le master 2. Ils permettent l'acquisition de 9 et 27 ECTs respectivement.

Les stages sont réalisés individuellement en entreprise ou au sein d'une structure de recherche privée ou publique.


Stages de M2 et de M1 - 2019/2020




Caractérisation des points chauds de recombinaison dans les génomes animaux.

Contact : Laurent Duret, Nicolas Lartillot

Courriel : laurent.duret@univ-lyon1.fr, nicolas.lartillot@univ-lyon1.fr
Structure : Université Claude Bernard Lyon 1, Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive, Villeurbanne

Date de publication : 07/05/2019

Statut : M2 à pourvoir



Analyse de données transcriptomiques pour la caractérisation moléculaire des mécanismes régulant l’homéostasie des cellules symbiotiques chez le puceron du pois

Contact : Nicolas Parisot, Federica Calevro

Courriel : nicolas.parisot@insa-lyon.fr, federica.calevro@insa-lyon.fr
Structure : INSA, UMR Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions, Villeurbanne

Date de publication : 16/05/2019

Statut : M2 à pourvoir



Relaxation des pressions de sélection sur l’expression des gènes suite à la perte d’un trait morphologique : peut-on détecter une accumulation d’éléments transposables ?

Contact : Anamaria Necsulea, Marie Fablet

Courriel : anamaria.necsulea@univ-lyon1.fr, marie.fablet@univ-lyon1.fr
Structure : Université Claude Bernard Lyon 1, Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive, Villeurbanne

Date de publication : 29/05/2019

Statut : M2 à pourvoir




Analyse de données NGS dans des cellules tumorales pour l’étude du récepteur nucléaire ERRα, modulateur de la progression du cancer

Contact : Catherine Cerutti

Courriel : catherine.cerutti@ens-lyon.fr
Structure : Institut de Génomique Fonctionnelle de Lyon
ENS de Lyon

Date de publication : 18/07/2019

Statut : M1-M2 à pourvoir



Reconstruction du réseau métabolique de la bactérie Xanthomonas campestris

Contact : Léo Gerlin, Ludovic Cottret, Caroline Baroukh

Courriel : leo.gerlin@inra.fr, ludovic.cottret@inra.fr, caroline.baroukh@inra.fr
Structure : Laboratoire des Interactions Plantes-Microorganismes (LIPM), Castanet-Tolosan

Date de publication : 06/09/2019

Statut : M2 à pourvoir



Développement d'une méthode pour l'inférence de réseaux métaboliques fonctionnels à partir de données transcriptomiques

Contact : Ludovic Cottret, Rémi Peyraud

Courriel : ludovic.cottret@inra.fr,
remi.peyraud@imean-biotech.com
Structure : INRA, Toulouse (Castanet Tolosan)

Date de publication : 06/09/2019

Statut : M2 à pourvoir



Systems biology and gene network analysis of autoimmune and inflammatory disorders

Contact : Nicolas Tchitchek, Adrien Six

Courriel : nicolas.tchitchek@sorbonne-universite.fr,
adrien.six@sorbonne-universite.fr
Structure : Hôpital Pitié-Salpêtrière, Paris

Date de publication : 06/09/2019

Statut : M2 à pourvoir



NGS approaches to study interactions of viruses with the intracellular innate immune system

Contact : Nicolas Manel

Courriel : nicolas.manel@curie.fr
Structure : Institut Curie, Paris

Date de publication : 06/09/2019

Statut : M2 à pourvoir



Amélioration d'un pipeline de détection de variants structuraux

Contact : Pierre-Antoine Rollat-Farnier

Courriel : pierre-antoine.rollat-farnier@chu-lyon.fr
Structure : Hospices Civils de Lyon, Groupement Hospitalier Est, Centre de Biologie et Pathologie Est

Date de publication : 12/09/2019

Statut : M2 à pourvoir



Développement d’une base de données de marqueurs génétiques pour inférer les variations spatiales et temporelles des picocyanobactéries marines Prochlorococcus et Synechococcus

Contact : Laurence Garczarek, Grégory Farrant

Courriel : laurence.garczarek@sb-roscoff.fr, gregory.farrant@sb-roscoff.fr
Structure : Station Biologique de Roscoff, Roscoff, France
UMR 7144 Adaptation et Diversité en Milieu Marin (AD2M)

Date de publication : 12/09/2019

Statut : M2 à pourvoir



Développement de méthodes pour le traitement et l'analyse de données de Cut & Run et Cut & Tag

Contact : Nicolas Descotes

Courriel : nicolas.descostes@embl.it
Structure : EMBL Rome, Italie

Date de publication : 12/09/2019

Statut : M2 à pourvoir



Identification de gènes spécifiques par reconstruction et comparaison des réseaux métaboliques de 40 algues brunes

Contact : Gabriel Markov, Anne Siegel

Courriel : gabriel.markov@sb-roscoff.fr, anne.siegel@irisa.fr
Structure : Station Biologique de Roscoff (UMR 8227 CNRS-Sorbonne Université) ou IRISA-INRIA Rennes (UMR 6074)

Date de publication : 13/09/2019

Statut : M2 à pourvoir



Global regulation of bacterial transcription by chromosome topology

Contact : Sam Meyer

Courriel : sam.meyer@insa-lyon.fr
Structure : INSA, Microbiologie Adaptation et Pathogénie, Villeurbanne

Date de publication : 13/09/2019

Statut : M2 à pourvoir



Métagénomique et diversité phylogénétique et fonctionnelle du phylum Bathyarchaeaota dans les sédiments marins profonds

Contact : Laurent Toffin

Courriel : laurent.toffin@ifremer.fr
Structure : IFREMER 29280 Plouzané

Date de publication : 19/09/2019

Statut : M2 à pourvoir



Étude de l’écosystème microbien d’un environnement extrême : les sources hydrothermalesvolcaniques l'île de Vulcano (Italie)

Contact : Gaël Erauso

Courriel : gael.erauso@mio.osupytheas.fr
Structure : Institut Méditerranéen d’Océanologie Marseille

Date de publication : 19/09/2019

Statut : M2 à pourvoir



Automatisation de l’intégration de génomes

Contact : Jorge Duarte

Courriel : jorge.duarte@limagrain.com
Structure : Limagrain Europe, Chappes (63)

Date de publication : 02/10/2019

Statut : M2 à pourvoir



Principes moléculaires et évolutifs gouvernant la régiosélectivité des enzymes

Contact : Sophie Abby, Ivan Junier, Fabien Pierrel

Courriel : sophie.abby@univ-grenoble-alpes.fr, ivan.junier@univ-grenoble-alpes.fr, fabien.pierrel@univ-grenoble-alpes.fr
Structure : Laboratoire TIMC-IMAG, Université Grenoble Alpes

Date de publication : 03/10/2019

Statut : M2 à pourvoir



Analyse d’activités cellulaires en single-cell dans des populations cancéreuses et étude de la diversité phénotypique

Contact : Pierre Martinez

Courriel : pierre.martinez@lyon.unicancer.fr
Structure : Centre de Recherches en Cancérologie de Lyon

Date de publication : 04/10/2019

Statut : M2 à pourvoir



Identification des gènes orthologues du récepteur de l’ecdysone chez des crustacés modèles en écotoxicologie

Contact : Davide Degli-Esposti

Courriel : davide.degli-esposti@irstea.fr
Structure : Equipe d’écotoxicologie Irstea Villeurbanne

Date de publication : 04/10/2019

Statut : M2 à pourvoir




Utilisation des techniques PCR et HTS pour le diagnostic de virus des végétaux

Contact : Jean-Emmanuel Gerbault

Courriel : jean-emmanuel.gerbault@anses.fr
Structure : ANSES Unité de quarantaine Lempdes (63)

Date de publication : 04/10/2019

Statut : M2 à pourvoir



Développement d’applications pour l’analyse fonctionnelle de microbiotes

Contact : Géraldine Pascal

Courriel : geraldine.pascal@inra.fr
Structure : INRA, laboratoire Génétique, Physiologie et Système d’élevage (GenPhySE), équipe Nutrition et Ecosystèmes Digestifs Toulouse

Date de publication : 04/10/2019

Statut : M2 à pourvoir



Analyse de la conservation évolutive des modifications chromatiniennes de gènes paralogues chez la Drosophile, quel est le rôle des éléments transposables ?

Contact : Emmanuelle Lerat, Carène Rizzon

Courriel : emmanuelle.lerat@univ-lyon1.fr

carene.rizzon @univ-evry.fr
Structure : Université Claude Bernard Lyon1 LBBE UMR 5558 Villeurbanne

Date de publication : 04/10/2019

Statut : M2 à pourvoir



Automatisation et généralisation d‘intégration de données issues de fouille de texte dans un système d’information

Contact : Cyril Pommier

Courriel : cyril.pommier@inra.fr

Structure : INRA, Versailles

Date de publication : 14/10/2019

Statut : M2 à pourvoir



Implémentation de pipelines d’analyse de données pan-génomiques quantitatives permettant de mesurer l’impact des nucléosomes sur l’assemblage des chromosomes

Contact : Laurent Modolo, Pascal Bernard

Courriel : laurent.modolo@ens-lyon.fr pascal.bernard@ens-lyon.fr

Structure : LBMC, ENS Lyon

Date de publication : 14/10/2019

Statut : M2 à pourvoir



Transcriptomique de la résistance aux insecticides chimiques chez le moustique vecteur d’arboviroses Aedes aegypti

Contact : Jean-Marc Bonneville, Jean-Philippe David

Courriel : jean-marc.bonneville@univ-grenoble-alpes.fr, jean-philippe.david@univ-grenoble-alpes.fr

Structure : LECA, Grenoble

Date de publication : 14/10/2019

Statut : M2 à pourvoir



Utilisation d’une nouvelle base donnée de traits fonctionnels des microorganismes pour comprendre le fonctionnement des sols anthropisés

Contact : Aurélie Cebron

Courriel : aurelie.cebron@univ-lorraine.fr

Structure : Laboratoire Interdisciplinaire des
Environnements Continentaux, Vandoeuvre-les-Nancy

Date de publication : 14/10/2019

Statut : M2 à pourvoir



Developing monitoring solution for healthcare stakeholders

Contact : Jensen Joymangul

Courriel : jensen.joymangul@univ-lyon2.fr

Structure : Laboratoire Décision et Information Pour les Systèmes de Production, Université Lyon 2

Date de publication : 28/10/2019

Statut : M2 à pourvoir