Organisation de la formation
Le master bioinfo@lyon est une formation de l'Université Lyon 1.
Il s'articule autour de deux parcours :
- Bioinformatique Moléculaire : Méthodes et Analyses (BMMA).
- Bioinformatique Moléculaire : Entrepreneuriat (BME).
Les cours ont lieu sur le campus LyonTech La Doua, mais certains TD et TP spécifiques auront lieu sur le campus Charles Mérieux à Gerland (IBCP, 7 passage du Vercors, 69007, Lyon).
Master 1
L'année de M1 est commune à tous les étudiants. Elle est équilibrée entre les enseignements disciplinaires (Bioinformatique = 12 ECTs, Biochimie = 9 ECTs et Informatique = 12 ECTs) et une mise en
pratique des compétences acquises au travers de projets (2 x 3 ECTs) et d'un stage de deux mois (9 ECTs) en entreprise ou dans un laboratoire de recherche.
Compte-tenu de l’hétérogénéité du public accueilli une UE de 6 ECTs est proposée en début de M1 pour permettre aux étudiants, selon leur parcours antérieur, d'acquérir des bases indispensables et/ou de renforcer leurs compétences dans les domaines de la Bioinformatique, de la Biochimie et de l'Informatique pour suivre la formation dans de bonnes conditions.
Ces enseignements disciplinaires sont complétés par l'enseignement d'une langue étrangère (anglais) et d'enseignements transversaux d'insertion professionnelle.
Master 2
L'année de M2 permet aux étudiants d'approfondir leurs connaissances en Bioinformatique (6 ECTs), Biochimie (3 ECTs) et Informatique (3 ECTs) et de spécialiser dans l'un ou l'autre de ces domaines au travers un vaste choix d'options (12 ECTs). Comme en M1, la mise en pratique des connaissances acquises est au cœur de l'année de M2, au travers de projets (3 ECTs) et d'un stage de six mois en entreprise ou dans un laboratoire de recherche (27 ECTs). Pour les étudiants suivant le parcours Entrepreneuriat (BME), le stage est remplacé par un accompagnement à la création d'entreprise.
L'enseignement d'une langue étrangère (anglais) sera poursuivi.
Descriptif des UEs
Unités d'enseignement (Master 1)
Bases pour la bioinformatique moléculaire
Statut: 6 ECTs, S1 - obligatoire
Responsables: Emmanuel Bettler, Céline Brochier-Armanet, Guillaume Launay
Méthodes pour l'analyse de données génomiques
Statut: 6 ECTs, S1 - obligatoire
Responsables: Vincent Lacroix & Raquel Tavares
Méthodes pour l'analyse de données transcriptomiques
Statut: 6 ECTs, S2 - obligatoire
Responsable: Vincent Lacroix
Bioinformatique structurale
Statut: 6 ECTs, S1 - obligatoire
Responsable: Gilbert Deléage
Méthodes pour l'analyse de données protéomiques
Statut: 3 ECTs, S2 - obligatoire
Responsable: Sophie Ayciriex
Programmation orientée objet pour la bioinformatique
Statut: 6 ECTs, S1 - obligatoire
Responsables: Carole Knibbe & Arnaud Mary
Algorithmique pour la bioinformatique
Statut: 3 ECTs, S2 - obligatoire
Responsable: Laurent Gueguen
Bases de données pour la bioinformatique
Statut: 3 ECTs, S2 - obligatoire
Responsable: Fabien Duchateau
Projet en
bioinformatique 1
Statut: 3 ECTs, S1 - obligatoire
Responsables: Arnaud Mary & Vincent Lacroix
Projet en
bioinformatique 2
Statut: 3 ECTs, S2 - obligatoire
Responsables: Céline Brochier-Armanet
Stage entreprise / laboratoire - 2 mois
Statut: 9 ECTs, S2 - obligatoire
Responsables: Céline Brochier-Armanet
Anglais pour la communication professionnelle niveau 1
Statut: 3 ECTs, S1 - obligatoire
Responsable: Joann Pigat
Enseignements transversaux d'insertion professionnelle
Statut: 3 ECTs, S2 - obligatoire
Responsable: SOIE
Unités d'enseignement (Master 2)
Génétique et génomique évolutive
Statut: 6 ECTs, S3 - optionnelle
Responsable: Cristina Viera
Introduction à la biologie des systèmes
Statut: 3 ECTs, S3 - optionnelle
Responsable: Sylvie Ricard-Blum
Programmation web pour la bioinformatique
Statut: 3 ECTs, S3 - optionnelle
Responsable: Pierre-Antoine Champin
Droit logiciel, protection des données & bioéthique
Statut: 3 ECTs, S4 - optionnelle
Responsable: Vincent Lacroix
Projet en
bioinformatique 3
Statut: 3 ECTs, S3 - optionnelle
Responsables: Carole Knibbe & Laurent Gueguen
Stage entreprise / laboratoire - 6 mois
Statut: 27 ECTs, S4 - obligatoire
Responsable: Céline Brochier-Armanet
Anglais pour la communication professionnelle niveau 2
Statut: 3 ECTs, S3 - obligatoire
Responsable: Joann Pigat
Phylogénomique et évolution moléculaire
Statut: 3 ECTs, S3 - optionnelle
Responsables: Céline Brochier-Armanet & Dominique Mouchiroud
Statistique bayésiennes & applications
Statut: 3 ECTs, S3 -
optionnelle
Responsable: Marie-Laure Delignette et Fabien Subtil
Modélisation de réseaux
biologiques
Statut: 6 ECTs, S3 -
optionnelle
Responsable: Hidde De Jong & Daniel Kahn
Biologie de synthèse
Statut: 6 ECTs, S3 -
optionnelle
Responsable: Sylvie Ricard-Blum
Conception de molécules bioactives & drug design
Statut: 6 ECTs, S3 - optionnelle
Responsable: Sylvie Ricard-Blum
Découverte de connaissances dans les données
Statut: 3 ECTs, S3 -
optionnelle
Responsable: Marc Plantevit
Graphes, complexité,
combinatoire
Statut: 3 ECTs, S3 - optionnelle
Responsable: Hamamache Kheddouci
Gestion des données pour le web
Statut: 3 ECTs, S3 - optionnelle
Responsable: Emmanuel Coquery
Techniques d'apprentissage automatique
Statut: 3 ECTs, S3 - optionnelle
Responsables: Haytham Elghazel & Khalid Benabdeslem