Organisation de la formation 

 

Le master bioinfo@lyon est une formation de l'Université Lyon 1.

Il s'articule autour de deux parcours :

- Bioinformatique Moléculaire : Méthodes et Analyses (BMMA).

- Bioinformatique Moléculaire : Entrepreneuriat (BME).

Les cours ont lieu sur le campus LyonTech La Doua, mais certains TD et TP spécifiques auront lieu sur le campus Charles Mérieux à Gerland (IBCP, 7 passage du Vercors, 69007, Lyon).


Master 1


L'année de M1 est commune à tous les étudiants. Elle est équilibrée entre les enseignements disciplinaires (Bioinformatique = 12 ECTs, Biochimie = 9 ECTs et Informatique = 12 ECTs) et une mise en pratique des compétences acquises au travers de projets (2 x 3 ECTs) et d'un stage de deux mois (9 ECTs) en entreprise ou dans un laboratoire de recherche.

Compte-tenu de l’hétérogénéité du public accueilli une UE de 6 ECTs est proposée en début de M1 pour permettre aux étudiants, selon leur parcours antérieur, d'acquérir des bases indispensables et/ou de renforcer leurs compétences dans les domaines de la Bioinformatique, de la Biochimie et de l'Informatique pour suivre la formation dans de bonnes conditions.

Ces enseignements disciplinaires sont complétés par l'enseignement d'une langue étrangère (anglais) et d'enseignements transversaux d'insertion professionnelle.



Master 2


L'année de M2 permet aux étudiants d'approfondir leurs connaissances en Bioinformatique (6 ECTs), Biochimie (3 ECTs) et Informatique (3 ECTs) et de spécialiser dans l'un ou l'autre de ces domaines au travers un vaste choix d'options (12 ECTs). Comme en M1, la mise en pratique des connaissances acquises est au cœur de l'année de M2, au travers de projets (3 ECTs) et d'un stage de six mois en entreprise ou dans un laboratoire de recherche (27 ECTs). Pour les étudiants suivant le parcours Entrepreneuriat (BME), le stage est remplacé par un accompagnement à la création d'entreprise.

L'enseignement d'une langue étrangère (anglais) sera poursuivi.




Descriptif des UEs


Unités d'enseignement (Master 1)


Bases pour la bioinformatique moléculaire

Statut: 6 ECTs, S1 - obligatoire

Responsables: Emmanuel Bettler, Céline Brochier-Armanet, Carole Knibbe


Méthodes pour l'analyse de données génomiques

Statut: 6 ECTs, S1 - obligatoire

Responsables: Vincent Lacroix & Raquel Tavares


Méthodes pour l'analyse de données transcriptomiques

Statut: 6 ECTs, S2 - obligatoire

Responsable: Vincent Lacroix


Bioinformatique structurale

Statut: 6 ECTs, S1 - obligatoire

Responsable: Gilbert Deléage


Méthodes pour l'analyse de données protéomiques

Statut: 3 ECTs, S2 - obligatoire

Responsable: Sophie Ayciriex


Programmation orientée objet pour la bioinformatique

Statut: 6 ECTs, S1 - obligatoire

Responsables: Carole Knibbe & Arnaud Mary


Algorithmique pour la bioinformatique

Statut: 3 ECTs, S2 - obligatoire

Responsable: Laurent Gueguen


Bases de données pour la bioinformatique

Statut: 3 ECTs, S2 - obligatoire

Responsable: Fabien Duchateau


Projet en bioinformatique 1

Statut: 3 ECTs, S1 - obligatoire

Responsables: Arnaud Mary & Vincent Lacroix


Projet en bioinformatique 2

Statut: 3 ECTs, S2 - obligatoire

Responsables: Carole Knibbe & Céline Brochier-Armanet


Stage entreprise / laboratoire - 2 mois

Statut: 9 ECTs, S2 - obligatoire

Responsables: Céline Brochier-Armanet


Anglais pour la communication professionnelle niveau 1

Statut: 3 ECTs, S1 - obligatoire

Responsable: Valérie James


Enseignements transversaux d'insertion professionnelle

Statut: 3 ECTs, S2 - obligatoire

Responsable: SOIE



Unités d'enseignement (Master 2)


Génétique et génomique évolutive

Statut: 6 ECTs, S3 - optionnelle

Responsable: Cristina Viera


Introduction à la biologie des systèmes

Statut: 3 ECTs, S3 - optionnelle

Responsable: Sylvie Ricard-Blum


Programmation web pour la bioinformatique

Statut: 3 ECTs, S3 - optionnelle

Responsable: Pierre-Antoine Champin


Droit logiciel, protection des données & bioéthique

Statut: 3 ECTs, S4 - optionnelle

Responsable: Vincent Lacroix


Projet en bioinformatique 3

Statut: 3 ECTs, S3 - optionnelle

Responsables: Carole Knibbe & Laurent Gueguen


Stage entreprise / laboratoire - 6 mois

Statut: 27 ECTs, S4 - obligatoire

Responsable: Céline Brochier-Armanet


Anglais pour la communication professionnelle niveau 2

Statut: 3 ECTs, S3 - obligatoire

Responsable: Valérie James


Phylogénomique et évolution moléculaire

Statut: 3 ECTs, S3 - optionnelle

Responsables: Céline Brochier-Armanet & Dominique Mouchiroud


Statistique bayésiennes & applications

Statut: 3 ECTs, S3 - optionnelle

Responsable: Marie-Laure Delignette et Fabien Subtil


Modélisation de réseaux biologiques

Statut: 6 ECTs, S3 - optionnelle

Responsable: Hidde De Jong & Daniel Kahn


Biologie de synthèse

Statut: 6 ECTs, S3 - optionnelle

Responsable: Sylvie Ricard-Blum


Conception de molécules bioactives & drug design

Statut: 6 ECTs, S3 - optionnelle

Responsable: Sylvie Ricard-Blum


Data mining

Statut: 3 ECTs, S3 - optionnelle

Responsable: Marc Plantevit


Graphes, complexité, combinatoire

Statut: 3 ECTs, S3 - optionnelle

Responsable: Hamamache Kheddouci


Gestion des données pour le web

Statut: 3 ECTs, S3 - optionnelle

Responsable: Emmanuel Coquery


Machine learning

Statut: 3 ECTs, S3 - optionnelle

Responsable: Alexandre Aussem


Data Visualization

Statut: 3 ECTs, S3 - optionnelle

Responsable: Nicolas Bonneel