Dans le cadre du master Bioinfo@Lyon les étudiants sont amenés à réaliser deux stages. La durée des stages est de deux mois pour le master 1 et de six mois pour le master 2. Ils permettent l'acquisition de 9 et 27 ECTs respectivement.

Les stages sont réalisés individuellement en entreprise ou au sein d'une structure de recherche privée ou publique.


Stages de M2 et de M1 - 2023/2024

Etudier les vulnérabilités du puceron du pois en développant un modèle mathématique de son métabolisme

Contacts : GERLIN Léo

Courriel : leo.gerlin@insa-lyon.fr

Date de publication : 30/10/2023

Statut : M1 à pourvoir


Développement d'outils bio-informatiques dédiés à l'analyse de l'épitranscriptomique des ARN ribosomiques

Contacts : MARCEL Virginie

Courriel : virginie.marcel@lyon.unicancer.fr

Date de publication : 26/10/2023

Statut : M2 à pourvoir


Le silure aux abords des ouvrages de franchissement en grandes rivières : facteurs biotiques et abiotiques de présence et analyse comportementale

Contacts : ROY Romain et WESTRELIN Samuel

Courriel : romain-r.roy@edf.fr et samuel.westrelin@inrae.fr

Date de publication : 24/10/2023

Statut : M2 à pourvoir


Recherche des déterminants génomiques de la diversité phénotypique chez les mammifères

Contacts : BOUSSAU Bastien

Courriel : bastien.boussau@univ-lyon1.fr

Date de publication : 18/10/2023

Statut : M2 à pourvoir


Bio-informatique structurale

Contacts : HUET Simon

Courriel : bioinformatics+md2024@affilogic.com

Date de publication : 18/10/2023

Statut : M2 à pourvoir


Recherche de facteurs génétiques de prédisposition aux infections sévères par des légionnelles

Contacts : BARDEL Claire et GINEVRA Christophe

Courriel :claire.bardel@chu-lyon.fr ; christophe.ginevra@chu-lyon.fr

Date de publication : 17/10/2023

Statut : M2 à pourvoir


Stage 6 mois - Chargé de développement procédés vaccins H/F

Contacts : SEBY Kevin

Courriel :kevin.SEBY-ext@sanofi.com

Date de publication : 17/10/2023

Statut : M2 à pourvoir


Vers un génome de référence du chevreuil à partir de séquençage long-road nanopore

Contacts : BOULESTEIX Matthieu et DEVILLARD Sébastien

Courriel :matthieu.boulesteix@univ-lyon1.fr et sebastien.devillard@univ-lyon1.fr

Date de publication : 17/10/2023

Statut : M2 à pourvoir


Etude des processus évolutifs impliqués dans la thermoadaptation des protéines

Contacts : BROCHIER-ARMANET Céline

Courriel :celine.brochier-armanet@univ-lyon1.fr

Date de publication : 17/10/2023

Statut : M2 à pourvoir


Development of in silico samples and benchmarking of splicing and fusion detection tools applied in a clinical setting

Contacts : BARRITAULT Marc et WUCHER Valentin

Courriel : marc.barritault@chu-lyon.fr ; valentin.wucher@univ-lyon1.fr

Date de publication : 16/10/2023

Statut : M2 à pourvoir


Bioinformatic study of Bathyarchaeia metabolisms in continental wetlands

Contacts : COFFINET Sarah

Courriel : sarah.coffinet@univ-rennes.fr

Date de publication : 16/10/2023

Statut : M2 à pourvoir


Etude du profil génétique et immunologique des tumeurs malignes solides et hématologiques de tous types histologiques à un stade avancé de la cohorte ProfiLER

Contacts : DROUET Youenn et HASAN Uzma

Courriel : youenn.drouet@lyon.unicancer.fr et uzma.hasan@lyon.unicancer.fr

Date de publication : 11/10/2023

Statut : M2 à pourvoir


Implémentation d'une analyse de pangenome graph pour l'investigation des épidémies, entité SPAAD (H/F)

Contacts : MERDA Deborah

Courriel : deborah.merda@anses.fr

Date de publication : 11/10/2023

Statut : M2 à pourvoir


Intégration de connaissances liées à des ressources génétiques et génomiques, dans une base de données graphe

Contacts : FLORES Raphaël

Courriel : raphael.flores@inrae.fr

Date de publication : 09/10/2023

Statut : M2 à pourvoir


Stratégie de conservation en milieu alluvial : étude de la structure de la diversité génétique et écologique de Sparganium emersum dans le bassin du Rhône

Contacts : BOISSEZON Aurélie

Courriel : aurélie.boissezon@hesge.ch

Date de publication : 05/10/2023

Statut : M2 à pourvoir


Intégration et exploitation de données hétérogènes en lien avec l'adaptation à des conditions environnementales changeantes dans une base de données orientée graphe

Contacts : FRANCILLONNE Nicolas et CONFAIS Johann

Courriel : nicolas.francillonne@inrae.fr et johann.confais@inrae.fr

Date de publication : 04/10/2023

Statut : M2 à pourvoir


Identification of metabolic pathways involved in carbon sources respiration under anaerobic conditions in silico and validation of prediction in vitro using Dickeya dadantii model strain

Contacts : HAICHAR Feth el Zahar

Courriel : feteh-el-zahare@insa-lyon.fr

Date de publication : 04/10/2023

Statut : M2 à pourvoir


Deciphering the origins of photography in pseudomonadota (Proteobacteria) using genomic data

Contacts : ABBY Sophie et PIERREL Fabien

Courriel : sophie.abby@univ-grenoble-alpes.fr ; fabien.pierrel@univ-grenoble-alpes.fr

Date de publication : 04/10/2023

Statut : M2 à pourvoir


Développement de worflow ETL et d'interfaces web pour le portail de données plantes FAIDARE

Contacts : POMMIER Cyril

Courriel : cyril.pommier@inrae.fr

Date de publication : 04/10/2023

Statut : M2 à pourvoir


Caractérisation des communautés bactériennes dans les sédiments et les eaux de surface d'estuaires sous influence ultrabasique

Contacts :GOURMELON Michèle

Courriel : michele.gourmelon@ifremer.fr

Date de publication : 04/10/2023

Statut : M2 à pourvoir


Phylogenetic inference in recombinant sequences using Hidden Markov models. application to the study of gene conversion dynamics in paramecium

Contacts :GUEGEN Laurent

Courriel : laurent.gueguen@univ-lyon1.fr

Date de publication : 02/10/2023

Statut : M2 à pourvoir


Efficacité du traitement de désinfection des eaux des stations d'épuration par l'acide performique

Contacts : JUSSELME Dung

Courriel : jusselm@u-pec.fr

Date de publication : 02/10/2023

Statut : M2 à pourvoir


Detection of balancing selection in Ficedula flycatchers

Contacts : SEGUREL Laure, MUGAL FARAH Carina

Courriel : laure.segurel@univ-lyon1.fr et carina.mugal@univ-lyon1.fr

Date de publication : 02/10/2023

Statut : M2 à pourvoir


Construction de modèles d'états Markoviens pour l'analyse de simulations de dynamique moléculaire

Contacts : BLANC Florian, WALKER Olivier

Courriel : flblanc@biophys.mpg.de ; olivier.walker@univ-lyon1.fr

Date de publication : 25/09/2023

Statut : M1 à pourvoir


Genotypage de variants structuraux avec des données de séquençage de type linked-reads

Contacts : LEMAITRE Claire

Courriel : claire.lemaitre@inria.fr

Date de publication : 21/09/2023

Statut : M2 à pourvoir


Internship project : joint gene expression and open chromatin profiling from the same nuclei during muscle fusion

Contacts : LE GRAND Fabien

Courriel : fabien.le-grand@cnrs.fr

Date de publication : 21/09/2023

Statut : M1, M2 à pourvoir


Internship project : single-cell/nuclei functional analysis of skeletal muscle regeneration

Contacts : LE GRAND Fabien

Courriel : fabien.le-grand@cnrs.fr

Date de publication : 21/09/2023

Statut : M1, M2 à pourvoir


Computational approaches to study tumor heterogeneity and evolution of tumor cells populations

Contacts : RICHARD Magali

Courriel : magali.richard@univ-grenoble-alpes.fr

Date de publication : 07/09/2023

Statut : M2 à pourvoir


Investigation of the role of splicing variants in the context of speciation

Contacts : MUGAL FARAH Carina et NECSULEA Anamaria

Courriel :  carina.mugal@univ-lyon1.fr ; anamaria.necsulea@univ-lyon1.fr

Date de publication : 06/09/2023

Statut : M2 à pourvoir


Dynamique évolutive des structures génomiques en une et trois dimensions

Contacts : NECSULEA Anamaria

Courriel :  anamaria.necsulea@univ-lyon1.fr

Date de publication : 05/09/2023

Statut : M2 à pourvoir


Annotation de méta-transcriptomes de sols forestiers

Contacts : AUER Lucas

Courriel :  lucas.auer@inrae.fr

Date de publication : 04/09/2023

Statut : M2 à pourvoir


Transcriptomique spatiale et transdifférenciation dans les tumeurs du sein

Contacts : Pierre MARTINEZ

Courriel :  pierre.martinez@lyon.unicancer.fr

Date de publication : 28/08/2023

Statut : M2 à pourvoir


Caractérisation de la diversité transcriptomique des allergies retardées au médicaments (toxidermies)

Contacts : Marc VOCANSON

Courriel :  marc.vocanson@inserm.fr

Date de publication : 13/07/2023

Statut : M2 à pourvoir



L'impact du ciblage de la voie de signalisation IL-15 topiques sur le phénotype des Trm cutanés (développement d'un pipeline d'analyse de données de single cell RNAseq)

Contacts : Marine-Alexia LEFEBVRE, Marc VOCANSON

Courriel :  marine-alexia.lefebvre@inserm.fr, marc.vocanson@inserm.fr

Structure : CIRI, INSERM U1111, UMR5308

Date de publication : 13/07/2023

Statut : M1, M2 à pourvoir




Quantification du processus d'évolution régressive à l'échelle génomique lors de la colonisation du milieu souterrain

Contacts :Tristan LEFEBURE, Clémentine FRANCOIS, Anamaria NECSULEA

Courriel : tristan.lefebure@univ-lyon1.fr, clementine.francois@univ-lyon1.fr, anamaria.necsulea@univ-lyon1.fr

Structure :LEHNA et LBBE Lyon 1

Date de publication : 11/07/2023

Statut : M2 à pourvoir



The role of DNA methylation in the symbiosis between a cereal weevil and its endosymbiotic bacteria

Contacts : Rita Rebollo et Nicolas Parisot

Courriel : rita.rebollo@inrae.fr et marie.fablet@univ-lyon1.fr

Structure : UMR INRAE/INSA Lyon

Date de publication : 28/06/2023

Statut : M2 à pourvoir



Deciphering the molecular dialogue between the mutualistic symbiosis between the cereal weevil Sitophilus oryzae and the endosymbiotic bacteria Sodalis pierantonius

Contacts : Rita Rebollo et Nicolas Parisot

Courriel : rita.rebollo@inrae.fr et nicolas.parisot@insa-lyon.fr

Structure : UMR INRAE/INSA Lyon

Date de publication : 28/06/2023

Statut : M2 à pourvoir



Long read-based genome assembly and comparative genomics of species undergoing Programmed DNA Elimination

Contacts : Brice Letcher et Marie Delattre

Courriel : brice.letcher@ens-lyon.fr et marie.delattre@ens-lyon.fr

Structure : Laboratoire de Biologie et Modélisation de la Cellule

Date de publication : 28/06/2023

Statut : M2 à pourvoir