Formation de l'Université Claude Bernard Lyon 1

Offres de stages 2022-2023

Dans le cadre du master Bioinfo@Lyon les étudiants sont amenés à réaliser deux stages. La durée des stages est de deux mois pour le master 1 et de six mois pour le master 2. Ils permettent l'acquisition de 9 et 27 ECTs respectivement.

Les stages sont réalisés individuellement en entreprise ou au sein d'une structure de recherche privée ou publique.

Stages de M2 et de M1 - 2022/2023

Création d’un pipeline d’alignement de génomes eucaryotes pour analyser l’évolution de séquences positionnant les nucléosomes

Contacts : Fabien Sassolas, Jean-Nicolas Volff, Benjamin Audit

Courriel : fabien.sassolas@ens-lyon.fr

Structure : Institut de Génomique Fonctionnelle de Lyon

Date de publication : 07/02/2023

Statut : M1 à pourvoir

Développement d’une interface Shiny pour permettre l’interrogation des résultats d’une étude en time-série RNAseq d’une ischémie-reperfusion sur modèle murin

Contacts : Juliette Geoffray, Gabriel Bidaux

Courriel : juliette.geoffray@univ-lyon1.fr

Structure : Laboratoire Carmen, Bron

Date de publication : 06/12/22

Statut : M2 à pourvoir

Transformations microbiennes de l’antimoine dans les sédiments d’un continuum route – bassin routier

Contacts : Yannick Colin, Thierry Berthe

Courriel : yannick.colin@univ-rouen.fr, thierry.berthe@univ-rouen.fr

Structure : Morphodynamique continentale et côtière, Normandie Université

Date de publication : 06/12/22

Statut : M2 à pourvoir

Analysis of spatial transcriptomics (Visium) data to study the spatial heterogeneity of oral cavity cancers

Contacts : Yannick Lemeitour, Karene Mahtouk

Courriel : yannick.lemeitour@lyon.unicancer.fr, karene.mahtouk@univ-lyon1.fr

Structure : Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon (CRCL)

Date de publication : 06/12/22

Statut : M1/M2 à pourvoir

Venez explorer le côté obscur du vivant à partir des données massives de séquençage métagénomique

Contacts : Vincent Navratil, Damien De Vienne

Courriel : vincent.navrati@univ-lyon1.fr ; damien.de-vienne@cnrs.fr

Structure : Université Claude Bernard Lyon 1, PRABI-AMSB (Villeurbanne)

Date de publication : 24/11/22

Statut : M1/M2 à pourvoir

Fouille de données et mise à jour des bases exploitées par l’outil d’inférence fonctionnelle PICRUSt 2

Contacts : Jean-Philippe Meyniel

Courriel : meyniel@isoft.fr

Structure : ISoft, Parc des Algorithmes, Route de l’Orme, 91190 Saint-Aubin

Date de publication : 14/11/22

Statut : M2 à pourvoir

Implémentation d’une plateforme multi-omique, basée sur la technologie deDataMorphing©, pour la classification en temps réel des patients enenvironnement de production

Contacts : Jean-Philippe Meyniel

Courriel : meyniel@isoft.fr

Structure : ISoft, Parc des Algorithmes, Route de l’Orme, 91190 Saint-Aubin

Date de publication : 14/11/22

Statut : M2 à pourvoir

Étude de la signature transcriptomique de l’activation de cellules de l’immunité innée suite à la reconnaissance de cellules infectées par les virus

Contacts : Carine Rey, Marlène Dreux

Courriel : carine.rey@ens-lyon.fr, marlene.dreux@ens-lyon.fr

Structure : CIRI, INSERM U111, ENS Lyon, directed by Dr F.L. Cosset

Team VIV, directed by Dr M. Dreux

Date de publication : 07/11/22

Statut : M2 à pourvoir

Moustique tigre, résistance/adaptation aux insecticides et épissage alternatif

Contacts : Vincent Lacroix, Jean-Philippe David

Courriel : vincent.lacroix@univ-lyon1.fr, jean-philippe.david@univ-grenoble-alpes.fr

Structure : LBBE

Date de publication : 28/10/22

Statut : M1 pourvu

Origine et évolution d’une famille majeure de régulateurs de l’apoptose chez les animaux

Contacts : Céline Brochier-Armanet, Nikolay Popgeorgiev

Courriel : celine.brochier-armanet@univ-lyon1.fr,

Structure : LBBE et CRCL - UCBL

Date de publication : 28/10/22

Statut : M1 ou M2 à pourvoir

Création d’un package R et d’une App Shiny pour la visualisation de données biologiques avec Lifemap

Contacts : Damien de Vienne, Aurélie Siberchicot

Courriel : damien.de-vienne@cnrs.fr, aurelie.siberchicot@univ-lyon1.fr

Structure : LBBE - UCBL

Date de publication : 27/10/22

Statut : M2 à pourvoir

Décrypter le dialogue métabolique entre la punaise de lit (Cimex lectularius) et ses partenaires symbiotiques intracellulaires

Contacts : Patrice Baa-Puyoulet, Hubert Charles

Courriel : patrice.baa-puyoulet@inrae.fr, hubert.charles@insa-lyon.fr

Structure : Equipe SymT, UMR203 BF2I, Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions, INSA de Lyon

Date de publication : 26/10/22

Statut : M1/M2 à pourvoir

Étude des points de cassure et de la méthylation par séquençage nanopore

Contact : Claire Bardel

Courriel : claire.bardel@univ-lyon1.fr
Structure : Hospices Civils de Lyon, Groupement Hospitalier Est, Centre de Biologie et Pathologie Est

Date de publication : 25/10/22

Statut : M2 à pourvoir

Analyse des rétrovirus endogènes humains (HERVs) dans les leucémies aiguës myéloïdes

Contact : Laurent Genestier, Vincent Alcazer

Courriel : laurent.genestier@inserm.fr, vincent.alcazer@chu-lyon.fr
Structure : Bâtiment Principal. Faculté de Médecine Lyon-Sud. 165 chemin du Grand Revoyet, 69921 Oullins Cedex.

Date de publication : 25/10/22

Statut : M2 à pourvoir

The role of genomic introgressions in the process of animal domestication

Contact : François Pompanon

Courriel : francois.pompanon@univ-grenoble-alpes.fr
Structure : Laboratoire d’Écologie Alpin, Grenoble